298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1480 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  100 
 
 
164 aa  345  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  67.79 
 
 
162 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  65.33 
 
 
162 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.62 
 
 
166 aa  194  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50.99 
 
 
162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  48.68 
 
 
166 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50 
 
 
166 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  46.25 
 
 
164 aa  148  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.37 
 
 
163 aa  148  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  44.38 
 
 
162 aa  142  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.86 
 
 
162 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.68 
 
 
160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.81 
 
 
158 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.23 
 
 
158 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  43.84 
 
 
154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42 
 
 
158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.62 
 
 
154 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  40.91 
 
 
155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.67 
 
 
158 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.95 
 
 
154 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.27 
 
 
147 aa  124  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.86 
 
 
154 aa  124  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.24 
 
 
154 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.61 
 
 
154 aa  121  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  46.4 
 
 
161 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.94 
 
 
154 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.58 
 
 
159 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.54 
 
 
147 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.67 
 
 
128 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.62 
 
 
134 aa  98.2  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  38.36 
 
 
147 aa  97.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.46 
 
 
149 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.67 
 
 
147 aa  95.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.84 
 
 
132 aa  94.4  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.27 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  38.33 
 
 
126 aa  90.1  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.67 
 
 
144 aa  89.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.66 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  38.02 
 
 
136 aa  89  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.33 
 
 
136 aa  87.4  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.21 
 
 
132 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.33 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.07 
 
 
146 aa  86.3  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36 
 
 
152 aa  86.3  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
136 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.89 
 
 
155 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
136 aa  84  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.15 
 
 
136 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.75 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  33.87 
 
 
135 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.82 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01113  hypothetical protein  42.45 
 
 
109 aa  82.8  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  38.89 
 
 
141 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.8 
 
 
137 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  37.8 
 
 
131 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.92 
 
 
139 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  38.28 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.89 
 
 
135 aa  80.9  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  34.43 
 
 
130 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.54 
 
 
134 aa  80.9  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
136 aa  80.5  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.43 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  37.01 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.4 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.88 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  36.67 
 
 
129 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.15 
 
 
136 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  33.33 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.26 
 
 
136 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.33 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  33.06 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.48 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.45 
 
 
136 aa  77.8  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
142 aa  77.8  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.74 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.64 
 
 
135 aa  77  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.68 
 
 
143 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
133 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.07 
 
 
134 aa  77  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
162 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.33 
 
 
158 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  31.78 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.59 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32 
 
 
133 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
138 aa  73.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.8 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  33.93 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>