More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3578 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  100 
 
 
126 aa  265  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  52.34 
 
 
132 aa  154  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.54 
 
 
140 aa  133  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.97 
 
 
135 aa  130  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.8 
 
 
132 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50 
 
 
136 aa  128  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.58 
 
 
123 aa  127  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.74 
 
 
131 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.45 
 
 
128 aa  122  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  40 
 
 
131 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  39.85 
 
 
131 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.33 
 
 
162 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.86 
 
 
135 aa  94  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.98 
 
 
162 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1503  hypothetical protein  39.05 
 
 
112 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.59 
 
 
132 aa  90.1  9e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.51 
 
 
166 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  38.33 
 
 
164 aa  90.1  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.11 
 
 
133 aa  87.8  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.66 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  40.62 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.02 
 
 
163 aa  85.5  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.84 
 
 
164 aa  85.1  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.59 
 
 
143 aa  84.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.59 
 
 
143 aa  84.3  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.85 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.72 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.4 
 
 
130 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  38.71 
 
 
129 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.29 
 
 
155 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.98 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.21 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  37.4 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.75 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.21 
 
 
131 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
137 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  36 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
160 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.59 
 
 
162 aa  77  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.46 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.43 
 
 
131 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.43 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
136 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.94 
 
 
158 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  37.4 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.75 
 
 
146 aa  75.5  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.48 
 
 
141 aa  75.5  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.43 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.78 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.38 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.5 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.33 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.75 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.59 
 
 
143 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  37.6 
 
 
141 aa  72  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.51 
 
 
140 aa  72  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.03 
 
 
153 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.21 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  32.5 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.79 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  37.93 
 
 
162 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.61 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
145 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
158 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  35.65 
 
 
149 aa  69.3  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  32.06 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
136 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
162 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.84 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.5 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  32.5 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.51 
 
 
159 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.05 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.63 
 
 
144 aa  67  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
134 aa  67  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2618  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.91 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.23 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  40.82 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2517  hypothetical protein  31.62 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.36 
 
 
141 aa  65.5  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.37 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  30.89 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.81 
 
 
148 aa  65.5  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  31.78 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.68 
 
 
132 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
166 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.14 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.48 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.86 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>