244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1907 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
142 aa  300  3.0000000000000004e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  48.18 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2065  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.57 
 
 
142 aa  100  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  36.72 
 
 
137 aa  95.9  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.15 
 
 
134 aa  96.7  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.1 
 
 
135 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.76 
 
 
135 aa  94.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.94 
 
 
138 aa  92  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  35.11 
 
 
135 aa  91.7  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.03 
 
 
136 aa  90.5  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.46 
 
 
135 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  33.61 
 
 
131 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.22 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.56 
 
 
145 aa  84  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  35.25 
 
 
123 aa  82.4  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.38 
 
 
132 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.08 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
148 aa  80.9  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.4 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  32.56 
 
 
133 aa  77.8  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
133 aa  77.8  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
142 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.48 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  32.06 
 
 
133 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  34.75 
 
 
135 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  32.79 
 
 
131 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2755  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.07 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.811781  normal  0.919097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.03 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.79 
 
 
153 aa  70.1  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  29.46 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  31.01 
 
 
131 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.6 
 
 
128 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.57 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  33.59 
 
 
126 aa  66.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.82 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
143 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  27.83 
 
 
134 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.7 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.77 
 
 
136 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
143 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.56 
 
 
136 aa  60.8  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.98 
 
 
136 aa  60.8  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
145 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  28.46 
 
 
145 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.2 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.56 
 
 
136 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.77 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.76 
 
 
146 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.19 
 
 
141 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  25 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.32 
 
 
141 aa  58.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  29.27 
 
 
137 aa  57.8  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.09 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  25.19 
 
 
137 aa  57.4  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.22 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.03 
 
 
144 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1751  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591601  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.07 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1588  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.94 
 
 
145 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.38 
 
 
165 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.93 
 
 
135 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1688  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.82122 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1690  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165527  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1769  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.868913  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.12 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.74 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.37 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.22 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.65 
 
 
137 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.32 
 
 
137 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.19 
 
 
135 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  27.2 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  23.89 
 
 
153 aa  54.7  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  27.43 
 
 
162 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.79 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.22 
 
 
136 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.95 
 
 
141 aa  53.9  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  32.63 
 
 
141 aa  53.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  22.61 
 
 
154 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.62 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.79 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947036  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.52 
 
 
140 aa  52.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25 
 
 
158 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.93 
 
 
136 aa  52.4  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
166 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.5 
 
 
143 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  25 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.44 
 
 
136 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.44 
 
 
133 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.09 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  25 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.13 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
132 aa  51.6  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
137 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>