225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0374 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
138 aa  289  9e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  46.62 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.86 
 
 
134 aa  122  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.96 
 
 
135 aa  120  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  43.07 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  42.75 
 
 
133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.35 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.46 
 
 
133 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.06 
 
 
127 aa  103  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  31.11 
 
 
135 aa  90.1  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
134 aa  88.2  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  38.89 
 
 
123 aa  80.9  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  33.59 
 
 
131 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  38.6 
 
 
158 aa  80.1  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.82 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
164 aa  67  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
158 aa  67  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2755  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.86 
 
 
147 aa  67  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.811781  normal  0.919097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  36.67 
 
 
135 aa  67  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.17 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
163 aa  65.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.3 
 
 
132 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.66 
 
 
158 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.82 
 
 
142 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  29.46 
 
 
137 aa  62.8  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.88 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.79 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.87 
 
 
165 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  35.66 
 
 
133 aa  60.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
143 aa  60.5  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.21 
 
 
166 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  30.3 
 
 
126 aa  60.1  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.21 
 
 
159 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  29.31 
 
 
162 aa  58.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
160 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.47 
 
 
166 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.01 
 
 
132 aa  58.2  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  31.67 
 
 
141 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  28.46 
 
 
141 aa  57  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  27.05 
 
 
155 aa  57  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.09 
 
 
140 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.45 
 
 
138 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  30.89 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.11 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  33.64 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.5 
 
 
132 aa  54.7  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.91 
 
 
145 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.64 
 
 
130 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.74 
 
 
138 aa  54.7  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.4 
 
 
154 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  28.81 
 
 
137 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.81 
 
 
137 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.08 
 
 
135 aa  53.5  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  27.21 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
154 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.66 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.02 
 
 
128 aa  52.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.74 
 
 
149 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.9 
 
 
137 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  25 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5167  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.09 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.578961 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.06 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.73 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  29.85 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.83 
 
 
154 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.97 
 
 
131 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.81 
 
 
130 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  31.39 
 
 
131 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
148 aa  50.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.69 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.66 
 
 
133 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.46 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
161 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
154 aa  50.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37 
 
 
124 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.97 
 
 
131 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.97 
 
 
144 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.96 
 
 
115 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.12 
 
 
131 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  27.61 
 
 
141 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  31.9 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  28.79 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
124 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.31 
 
 
133 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.9 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  30 
 
 
154 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.5 
 
 
137 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.77 
 
 
132 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>