More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3022 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
132 aa  278  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  68.7 
 
 
132 aa  206  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.06 
 
 
133 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.48 
 
 
137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  42.19 
 
 
131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  41.73 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.77 
 
 
135 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  39.06 
 
 
141 aa  107  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  41.41 
 
 
133 aa  100  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.82 
 
 
136 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.51 
 
 
143 aa  99  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
143 aa  98.2  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.86 
 
 
135 aa  96.7  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.62 
 
 
142 aa  95.5  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  30.77 
 
 
135 aa  91.3  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  37.59 
 
 
126 aa  90.1  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.88 
 
 
132 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.12 
 
 
134 aa  87.8  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
134 aa  87  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.16 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.2 
 
 
123 aa  84.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
151 aa  84.3  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.35 
 
 
128 aa  83.6  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.6 
 
 
146 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  31.93 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.38 
 
 
142 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.13 
 
 
135 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.45 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  37.9 
 
 
133 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.07 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.71 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  35.61 
 
 
137 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  33.6 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.07 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.22 
 
 
134 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.01 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  34.45 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  31.34 
 
 
139 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.11 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  34.11 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  30.16 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
132 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.11 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  38.17 
 
 
129 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
131 aa  74.7  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.69 
 
 
152 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.54 
 
 
149 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.88 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  31.54 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.88 
 
 
137 aa  73.6  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  31.45 
 
 
131 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.13 
 
 
133 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.04 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.3 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  28.57 
 
 
158 aa  72  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  31.25 
 
 
139 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.3 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.36 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  26.36 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.54 
 
 
132 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  33.04 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.97 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.13 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.15 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.08 
 
 
143 aa  68.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  28.35 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.91 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
136 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  26.77 
 
 
132 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.3 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.51 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.34 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.11 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.8 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.99 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.45 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.54 
 
 
132 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.87 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.91 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
142 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.77 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.03 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  27.56 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.56 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.36 
 
 
136 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.87 
 
 
145 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  30 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  28.87 
 
 
145 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.58 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.58 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1286  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.32 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.792681  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>