More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0070 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
123 aa  259  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  53.78 
 
 
131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.17 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  47.58 
 
 
126 aa  127  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  46.67 
 
 
132 aa  124  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.46 
 
 
136 aa  117  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.98 
 
 
135 aa  110  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.2 
 
 
132 aa  106  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.02 
 
 
128 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  40.62 
 
 
131 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1503  hypothetical protein  46.46 
 
 
112 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  38.28 
 
 
131 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.2 
 
 
132 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  38.84 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0485  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.47 
 
 
143 aa  82  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231758  normal  0.0484471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.22 
 
 
137 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.34 
 
 
143 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
141 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
134 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  34.45 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.71 
 
 
155 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.77 
 
 
141 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.61 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.61 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.22 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.2 
 
 
151 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.87 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  31.09 
 
 
129 aa  73.9  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
131 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
146 aa  73.6  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  31.2 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.59 
 
 
137 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.95 
 
 
132 aa  72  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  38.04 
 
 
135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.91 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
135 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.94 
 
 
128 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.17 
 
 
140 aa  72  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.17 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.7 
 
 
153 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.87 
 
 
145 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.91 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.17 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.07 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.58 
 
 
137 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
145 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.85 
 
 
147 aa  69.3  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  31.67 
 
 
162 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  27.87 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  32.26 
 
 
145 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  32 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  27.42 
 
 
164 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.89 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.26 
 
 
149 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.67 
 
 
136 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.37 
 
 
133 aa  68.6  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
132 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  32.48 
 
 
149 aa  68.2  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
148 aa  68.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.58 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.7 
 
 
144 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.27 
 
 
213 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.27 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.27 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.1 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  39.18 
 
 
130 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.35 
 
 
133 aa  67  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.35 
 
 
130 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.18 
 
 
130 aa  67  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.73 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  29.51 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  28.46 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  37.89 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.9 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.23 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.89 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  29.51 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.93 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.36 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.7 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.3 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.58 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.2 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  29.41 
 
 
137 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.42 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  37.63 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.02 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>