293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1776 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
155 aa  321  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  84.25 
 
 
130 aa  236  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  83.46 
 
 
130 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  64.23 
 
 
133 aa  167  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  51.28 
 
 
131 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  50.85 
 
 
131 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.14 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  38.98 
 
 
141 aa  91.7  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.88 
 
 
133 aa  90.9  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  37.5 
 
 
133 aa  87.8  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.97 
 
 
135 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  36.89 
 
 
164 aa  84.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
137 aa  84.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  35.77 
 
 
139 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.9 
 
 
132 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.33 
 
 
132 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  36.29 
 
 
126 aa  80.5  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.87 
 
 
143 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.45 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.1 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.08 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  30.83 
 
 
136 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  32.52 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  33.33 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  30.33 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.77 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  33.33 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  27.87 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.15 
 
 
142 aa  71.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.32 
 
 
154 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
140 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.27 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.29 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.07 
 
 
154 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.58 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.24 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
136 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  39.32 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
153 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  30.77 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.28 
 
 
158 aa  67  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.97 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  33.6 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.86 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.6 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.25 
 
 
154 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  34.31 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  34.34 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.25 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.8 
 
 
124 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.48 
 
 
132 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.79 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.71 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.71 
 
 
213 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.86 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.33 
 
 
133 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.36 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.71 
 
 
136 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.83 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  30.83 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.69 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.45 
 
 
166 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  33.64 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
130 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
137 aa  60.8  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38 
 
 
162 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
128 aa  60.5  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.71 
 
 
149 aa  60.5  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.03 
 
 
161 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.25 
 
 
135 aa  60.5  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  34.68 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.03 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.05 
 
 
133 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.74 
 
 
136 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>