More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0163 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  100 
 
 
135 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.56 
 
 
136 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.69 
 
 
134 aa  179  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.3 
 
 
135 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.88 
 
 
133 aa  120  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  43.51 
 
 
141 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.31 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.64 
 
 
137 aa  106  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.48 
 
 
135 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.43 
 
 
143 aa  104  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.65 
 
 
143 aa  104  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  40.17 
 
 
137 aa  98.6  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
135 aa  94.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
132 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  34.65 
 
 
131 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  32.81 
 
 
133 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  33.86 
 
 
131 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
149 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.31 
 
 
142 aa  80.9  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  34.11 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.98 
 
 
134 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.09 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  26.36 
 
 
139 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  37.21 
 
 
133 aa  79.7  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  33.06 
 
 
130 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.61 
 
 
137 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  35.59 
 
 
137 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.75 
 
 
127 aa  74.7  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  31.2 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.75 
 
 
142 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.8 
 
 
134 aa  73.6  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.5 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.33 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.85 
 
 
138 aa  72  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.06 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.6 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.5 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 
135 aa  70.1  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.85 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.07 
 
 
158 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.24 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.5 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  29.73 
 
 
115 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.48 
 
 
131 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
136 aa  67  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.67 
 
 
138 aa  67  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
133 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  31.97 
 
 
123 aa  66.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
152 aa  66.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2755  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.82 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.811781  normal  0.919097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.36 
 
 
131 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.95 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  29.69 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  31.78 
 
 
126 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.7 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
128 aa  64.7  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.31 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.4 
 
 
132 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08442  conserved hypothetical protein  30.95 
 
 
187 aa  63.5  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.895527  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  28 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  26.19 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  32.17 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.91 
 
 
137 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.1 
 
 
138 aa  62.8  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  26.4 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  28.33 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.21 
 
 
163 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4209  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.3 
 
 
162 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176397  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.69 
 
 
166 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.59 
 
 
175 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.03 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.03 
 
 
134 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  26.56 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  30.83 
 
 
164 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  30.83 
 
 
164 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
147 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.446608  normal  0.0952276 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  30.83 
 
 
164 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.13 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.23 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.36 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  27.13 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.65 
 
 
123 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  30 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  30 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  30 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.56 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>