294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1877 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
134 aa  283  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.69 
 
 
136 aa  187  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.45 
 
 
135 aa  183  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  62.69 
 
 
135 aa  179  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.53 
 
 
133 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  45.8 
 
 
141 aa  121  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.98 
 
 
137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.1 
 
 
143 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.1 
 
 
143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.54 
 
 
135 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  41.22 
 
 
131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  42.06 
 
 
131 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.02 
 
 
132 aa  97.8  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  34.88 
 
 
133 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  33.33 
 
 
133 aa  88.6  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
132 aa  87  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
130 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  35.9 
 
 
137 aa  84  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  35.34 
 
 
130 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  32.8 
 
 
139 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.83 
 
 
138 aa  80.1  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.11 
 
 
134 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.77 
 
 
149 aa  79  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.07 
 
 
146 aa  78.2  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.45 
 
 
155 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.48 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.85 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  33.33 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.1 
 
 
132 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.06 
 
 
136 aa  72  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.25 
 
 
128 aa  70.9  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.4 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.23 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.34 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.61 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.23 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.84 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.85 
 
 
131 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.06 
 
 
135 aa  67.4  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28 
 
 
133 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.1 
 
 
132 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  31.25 
 
 
126 aa  67  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  30.77 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.8 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  26.36 
 
 
132 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.77 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  28 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.17 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.36 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
127 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.01 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  26.98 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  30.4 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.2 
 
 
133 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
163 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.75 
 
 
154 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  26.4 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.446608  normal  0.0952276 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.8 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  28.8 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  31.45 
 
 
164 aa  62.8  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4408  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.2 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  32.17 
 
 
158 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  30.25 
 
 
131 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.75 
 
 
154 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
153 aa  62  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7100  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.36 
 
 
124 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.883539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
137 aa  61.6  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
152 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.87 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0720631 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
134 aa  60.5  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.97 
 
 
124 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.89 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
153 aa  60.5  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  27.34 
 
 
148 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  28.69 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.06 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0032  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.47 
 
 
158 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.630723  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2065  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.69 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.79 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.79 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.69 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1263  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.84 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.91 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  30.83 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.67 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0691  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.06 
 
 
164 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.979336  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.16 
 
 
154 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  31.62 
 
 
123 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.56 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>