259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1379 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
132 aa  279  9e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  52.34 
 
 
126 aa  154  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.64 
 
 
140 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.98 
 
 
132 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.2 
 
 
123 aa  106  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44 
 
 
136 aa  105  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.66 
 
 
131 aa  102  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.58 
 
 
135 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.71 
 
 
128 aa  95.5  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  37.23 
 
 
131 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.29 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  36.76 
 
 
131 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1503  hypothetical protein  41.41 
 
 
112 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  36.29 
 
 
130 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.9 
 
 
155 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  36.09 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  37.74 
 
 
164 aa  77.4  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  32.81 
 
 
133 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.07 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  37.5 
 
 
139 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.71 
 
 
162 aa  77  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  31.01 
 
 
145 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.56 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.01 
 
 
145 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.71 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
143 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.08 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.82 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.19 
 
 
162 aa  72.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.16 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38 
 
 
160 aa  70.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.27 
 
 
163 aa  70.5  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.77 
 
 
153 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
145 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.71 
 
 
146 aa  70.1  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.75 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.67 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  36.97 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.31 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.15 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  37.86 
 
 
162 aa  67.8  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2517  hypothetical protein  29.51 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.65 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.77 
 
 
136 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  29.84 
 
 
136 aa  67  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0485  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
143 aa  67.4  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231758  normal  0.0484471 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.45 
 
 
140 aa  67  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.92 
 
 
136 aa  67  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.62 
 
 
166 aa  66.6  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.24 
 
 
158 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.25 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.13 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.17 
 
 
143 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  34.35 
 
 
129 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.65 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.03 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2618  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  32.54 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.25 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.11 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.93 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.17 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  34.45 
 
 
155 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.79 
 
 
162 aa  64.3  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.35 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  32.46 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.2 
 
 
141 aa  63.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.75 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.29 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.4 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.4 
 
 
132 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.2 
 
 
131 aa  62  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
146 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  30.08 
 
 
162 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
161 aa  60.8  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
158 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
162 aa  60.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
151 aa  60.8  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.89 
 
 
134 aa  60.5  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
135 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  32.14 
 
 
130 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.51 
 
 
130 aa  60.1  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.73 
 
 
149 aa  60.1  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.82 
 
 
130 aa  60.1  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  37.65 
 
 
147 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.87 
 
 
137 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.51 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.93 
 
 
132 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>