243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1194 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
145 aa  304  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  52.67 
 
 
135 aa  148  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  49.62 
 
 
133 aa  144  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  48.87 
 
 
134 aa  140  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  46.62 
 
 
133 aa  139  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  49.62 
 
 
137 aa  138  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.38 
 
 
138 aa  130  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  48.41 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  46.62 
 
 
138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.64 
 
 
134 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  38.66 
 
 
131 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  30.6 
 
 
135 aa  92.8  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  36.89 
 
 
123 aa  90.1  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  34.27 
 
 
158 aa  89  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2755  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
147 aa  86.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.811781  normal  0.919097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.56 
 
 
142 aa  84  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.77 
 
 
143 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.96 
 
 
143 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.25 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.09 
 
 
135 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  34.43 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
162 aa  70.5  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.4 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  31.25 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
135 aa  67  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.58 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28 
 
 
158 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
166 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.03 
 
 
158 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.98 
 
 
161 aa  62.8  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
154 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  28.12 
 
 
137 aa  61.6  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
160 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.23 
 
 
135 aa  61.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
162 aa  60.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
154 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.42 
 
 
154 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.03 
 
 
136 aa  60.5  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  29.03 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.62 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.77 
 
 
166 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.03 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.48 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  32.33 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.03 
 
 
131 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  27.2 
 
 
162 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
132 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
159 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
154 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.52 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  30.6 
 
 
141 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.58 
 
 
162 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.95 
 
 
166 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.03 
 
 
131 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.32 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.95 
 
 
131 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  25.6 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.94 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.72 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.91 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 
147 aa  54.3  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  25 
 
 
154 aa  54.3  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.03 
 
 
162 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.31 
 
 
136 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.91 
 
 
136 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.29 
 
 
136 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.81 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  29.31 
 
 
136 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.81 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.48 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.19 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.98 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.41 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  24.59 
 
 
164 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  31.93 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  31.09 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.91 
 
 
130 aa  51.6  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.2 
 
 
137 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.09 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.57 
 
 
144 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  31.09 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
158 aa  51.6  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.19 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.45 
 
 
153 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  31.93 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  31.93 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  31.93 
 
 
135 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>