283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3089 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  100 
 
 
130 aa  269  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  98.46 
 
 
130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  75.38 
 
 
130 aa  207  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  74.62 
 
 
130 aa  207  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  74.62 
 
 
130 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  73.08 
 
 
130 aa  203  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  73.08 
 
 
130 aa  202  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  70.54 
 
 
130 aa  201  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  70 
 
 
130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  68.46 
 
 
130 aa  197  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  67.69 
 
 
130 aa  194  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  70.77 
 
 
130 aa  193  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  66.92 
 
 
130 aa  188  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  61.11 
 
 
129 aa  170  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2803  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  69.37 
 
 
131 aa  168  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.56 
 
 
124 aa  155  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  48.8 
 
 
128 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  48.36 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7100  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.53 
 
 
124 aa  114  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.883539 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.53 
 
 
124 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.11 
 
 
133 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2783  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.67 
 
 
133 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0569406  hitchhiker  0.000528708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.69 
 
 
133 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  42.86 
 
 
135 aa  100  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.41 
 
 
134 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.14 
 
 
135 aa  88.2  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  38.02 
 
 
129 aa  87.4  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.6 
 
 
134 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  34.78 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40 
 
 
154 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.52 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.05 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  38.05 
 
 
133 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.13 
 
 
154 aa  73.9  0.0000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.05 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  35.04 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.91 
 
 
136 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.25 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.25 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.53 
 
 
213 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.53 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.72 
 
 
154 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.91 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  27.69 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  37.72 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.72 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.21 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.04 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.92 
 
 
137 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  31.58 
 
 
142 aa  70.5  0.000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.84 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.62 
 
 
131 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.3 
 
 
138 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.8 
 
 
135 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  36.28 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.61 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.94 
 
 
159 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.51 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
131 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  31.36 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.36 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.24 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.09 
 
 
154 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  30 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.29 
 
 
162 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.13 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
152 aa  67  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.23 
 
 
144 aa  66.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.21 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.43 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.52 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.97 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.63 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.66 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.94 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  28.8 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.89 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  35.78 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.52 
 
 
161 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  27.5 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.65 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.08 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  34.51 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.43 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.42 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
149 aa  63.5  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.43 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.31 
 
 
138 aa  63.5  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.35 
 
 
158 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  35.4 
 
 
155 aa  63.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>