More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5319 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  100 
 
 		 233 aa  471  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  78.97 
 
 		 233 aa  389  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  80.09 
 
 		 231 aa  384  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  77.39 
 
 		 235 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  71.81 
 
 		 231 aa  353  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  71.68 
 
 		 235 aa  350  1e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  71.37 
 
 		 231 aa  350  2e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 233 aa  348  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  71.12 
 
 		 249 aa  348  3e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  71.37 
 
 		 233 aa  347  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  71.37 
 
 		 233 aa  347  8e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.96 
 
 		 233 aa  347  9e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.96 
 
 		 233 aa  347  9e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  71.37 
 
 		 233 aa  347  1e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  69.4 
 
 		 232 aa  347  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.93 
 
 		 233 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  69.53 
 
 		 233 aa  347  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.77 
 
 		 233 aa  346  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  69.4 
 
 		 232 aa  346  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  69.4 
 
 		 232 aa  346  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  70.93 
 
 		 233 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  70.93 
 
 		 233 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.93 
 
 		 233 aa  345  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  71.43 
 
 		 233 aa  344  6e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  70.93 
 
 		 233 aa  344  7e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  71.37 
 
 		 233 aa  343  8.999999999999999e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.24 
 
 		 233 aa  343  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  71.24 
 
 		 233 aa  343  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  71.62 
 
 		 233 aa  343  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.24 
 
 		 233 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  68.72 
 
 		 239 aa  342  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  70.98 
 
 		 233 aa  342  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 233 aa  341  5e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  70.09 
 
 		 237 aa  338  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  70.09 
 
 		 237 aa  338  4e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  69.64 
 
 		 237 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  68.67 
 
 		 233 aa  337  9.999999999999999e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  68.75 
 
 		 237 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  68.75 
 
 		 238 aa  332  4e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  63.84 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  54.82 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  54.11 
 
 		 266 aa  244  6.999999999999999e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  54.11 
 
 		 265 aa  244  9e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.56 
 
 		 244 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4096  two component transcriptional regulator  62.57 
 
 		 184 aa  218  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0234  DNA-binding response regulator  39.65 
 
 		 265 aa  172  3.9999999999999995e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  41.96 
 
 		 225 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  40.64 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  38.01 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.21 
 
 		 227 aa  157  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 258 aa  155  6e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1830  two component transcriptional regulator  39.9 
 
 		 250 aa  155  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 222 aa  154  8e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3931  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  38.57 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 221 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 223 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 223 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3589  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 221 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 242 aa  151  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 226 aa  151  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 221 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 221 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.22 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  38.46 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.46 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2714  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 231 aa  148  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 220 aa  148  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.22 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  37.55 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 227 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  36.94 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.82 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  38.16 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 227 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>