More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5078 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
305 aa  597  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.11 
 
 
315 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.640342  normal  0.816795 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
307 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.54 
 
 
311 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0483162  hitchhiker  0.00242915 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.43 
 
 
306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.635306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.8 
 
 
329 aa  299  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.366376 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
305 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.67 
 
 
334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0513762 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
317 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0612254  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
313 aa  212  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
359 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  36.97 
 
 
867 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
312 aa  193  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
284 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
293 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
300 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
293 aa  187  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
310 aa  188  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.58 
 
 
300 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.06 
 
 
300 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
322 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  36.01 
 
 
301 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
278 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
284 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
305 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  38.68 
 
 
303 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.97 
 
 
303 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
301 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
319 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
301 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
280 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.52 
 
 
288 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
297 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
303 aa  178  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.97 
 
 
303 aa  178  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.97 
 
 
303 aa  178  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.97 
 
 
303 aa  178  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.97 
 
 
303 aa  178  9e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.6 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
296 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  38.6 
 
 
303 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
279 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.3 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  36.3 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  36.3 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
304 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  36.3 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.3 
 
 
299 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  38.33 
 
 
303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
300 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
304 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.76 
 
 
308 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.82 
 
 
304 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.36 
 
 
325 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
304 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
304 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
310 aa  177  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
303 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
303 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
303 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
300 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
308 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  34.33 
 
 
295 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  37.09 
 
 
300 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.85 
 
 
479 aa  176  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
280 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
296 aa  176  6e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
300 aa  175  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
304 aa  175  8e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
304 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
485 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.8 
 
 
650 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
494 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
307 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
305 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.197618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
307 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
300 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
301 aa  172  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
308 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
308 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
309 aa  172  7.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
302 aa  172  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
290 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.55 
 
 
282 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
305 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.43 
 
 
303 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  38.43 
 
 
303 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
285 aa  170  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  38.43 
 
 
303 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>