More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11560 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11560  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
301 aa  584  1e-166  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.626059  hitchhiker  0.00742077 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.37 
 
 
276 aa  436  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal  0.190746 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.58 
 
 
293 aa  408  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  hitchhiker  0.00160002 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.36 
 
 
297 aa  370  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0665879  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
298 aa  325  8.000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370604  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.06 
 
 
276 aa  311  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000118681  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.04 
 
 
294 aa  310  2e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0399924  normal  0.454019 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.1 
 
 
287 aa  295  8e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.95 
 
 
297 aa  271  1e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3249  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  50 
 
 
284 aa  263  3e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.01 
 
 
283 aa  236  3e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1877  MalG-type ABC sugar transport system permease component  55.4 
 
 
216 aa  227  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
282 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
282 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.437147  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3987  putative sugar ABC transporter (permease protein)  47.49 
 
 
282 aa  218  7e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
275 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
281 aa  186  5e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  39.1 
 
 
281 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
284 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.57 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
299 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
289 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.77 
 
 
305 aa  169  7e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
285 aa  169  7e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  33.56 
 
 
301 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.341564  decreased coverage  0.00499995 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
275 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  37.31 
 
 
276 aa  165  8e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
284 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.757856  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
303 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
275 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.54 
 
 
279 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  35.51 
 
 
286 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
299 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
281 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
271 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
283 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29430  ABC-type sugar transport system, permease component  38.57 
 
 
298 aa  159  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
275 aa  159  6e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
281 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
271 aa  159  8e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11620  ABC-type sugar transport system, permease component  33.98 
 
 
306 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00242068  normal  0.0915178 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
279 aa  157  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
278 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
271 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  37.39 
 
 
271 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
278 aa  158  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3943  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.96 
 
 
281 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0114669  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6935  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.86 
 
 
300 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111402  normal  0.938789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
300 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.385749  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  35.25 
 
 
277 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
270 aa  156  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
283 aa  157  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
298 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
273 aa  155  6e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.57 
 
 
283 aa  155  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
295 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
283 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
282 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
275 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  28.76 
 
 
303 aa  154  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
280 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  33.81 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.842824 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
290 aa  152  5e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
278 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
311 aa  152  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  33.71 
 
 
280 aa  152  7e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.6 
 
 
282 aa  152  8e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
273 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0067  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.68 
 
 
295 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
295 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
273 aa  151  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0294  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.38 
 
 
278 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.03 
 
 
297 aa  151  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
271 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
305 aa  149  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00998336  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
274 aa  149  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
275 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
277 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603353  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
314 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  33.97 
 
 
269 aa  149  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0273783  normal  0.517173 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
278 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
280 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5530  sugar ABC transporter (permease)  34.43 
 
 
292 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.30156 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
301 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00963253  hitchhiker  0.006941 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.87 
 
 
305 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.290341 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
298 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
277 aa  147  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  29.56 
 
 
277 aa  146  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
270 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.41 
 
 
349 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.59414  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>