More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3987 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3987  putative sugar ABC transporter (permease protein)  100 
 
 
282 aa  558  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
282 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.46 
 
 
282 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.437147  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.46 
 
 
282 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.51 
 
 
275 aa  339  4e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.61 
 
 
283 aa  253  3e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11560  carbohydrate ABC transporter membrane protein  47.49 
 
 
301 aa  230  2e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.626059  hitchhiker  0.00742077 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
293 aa  230  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0624061  hitchhiker  0.00160002 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3249  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.12 
 
 
284 aa  228  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
276 aa  225  5.0000000000000005e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal  0.190746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.66 
 
 
287 aa  224  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
276 aa  212  5.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000118681  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
294 aa  205  6e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0399924  normal  0.454019 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
298 aa  199  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370604  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2070  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
297 aa  192  5e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0665879  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
297 aa  188  1e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
285 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
275 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
284 aa  175  9e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.757856  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
275 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
294 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
294 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
284 aa  169  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1877  MalG-type ABC sugar transport system permease component  43.46 
 
 
216 aa  169  5e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
281 aa  169  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232263  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
279 aa  161  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00860  ABC-type sugar transport system, permease component  35.55 
 
 
267 aa  160  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
277 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
271 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
279 aa  159  4e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
273 aa  159  6e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
314 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
275 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
289 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
275 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
277 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  36.12 
 
 
281 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
297 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
300 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
275 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
271 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
274 aa  152  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
280 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
279 aa  152  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.006727  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0403  putative integral membrane transport protein  29.5 
 
 
279 aa  152  8e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
276 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
278 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
278 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
279 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
283 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
302 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.341564  decreased coverage  0.00499995 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
270 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.32 
 
 
297 aa  149  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  32.46 
 
 
301 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12849  sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane protein ABC transporter ugpE  33.83 
 
 
275 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144305  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29430  ABC-type sugar transport system, permease component  36.94 
 
 
298 aa  149  5e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  33.7 
 
 
278 aa  149  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
298 aa  149  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.705306  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11620  ABC-type sugar transport system, permease component  35.63 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00242068  normal  0.0915178 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  32.81 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  29.93 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  31.4 
 
 
280 aa  146  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
276 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
276 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
390 aa  146  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
275 aa  145  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
292 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1303  MalG-type ABC sugar transport system permease component  33.19 
 
 
266 aa  145  8.000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00414048  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
270 aa  145  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.71 
 
 
275 aa  145  9e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 
276 aa  145  1e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  32.68 
 
 
303 aa  144  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2510  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  36.24 
 
 
278 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.686515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
275 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
281 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
280 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
274 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
300 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.385749  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
288 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
294 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.68182  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  33.98 
 
 
286 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
277 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
290 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548355  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
348 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339227  normal  0.298734 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3943  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  29.77 
 
 
281 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0114669  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
273 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  31.54 
 
 
272 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
272 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
270 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.69 
 
 
305 aa  143  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709644  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
275 aa  143  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
304 aa  143  4e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.842824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>