More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4440 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
277 aa  541  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  76.19 
 
 
275 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.38 
 
 
275 aa  414  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.01 
 
 
277 aa  408  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.37 
 
 
276 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  66.06 
 
 
280 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  66.79 
 
 
280 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
276 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.173525 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.6 
 
 
280 aa  356  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.03 
 
 
281 aa  330  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
283 aa  330  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657095  normal  0.345018 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.99 
 
 
278 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.04 
 
 
282 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
292 aa  278  6e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.445244 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
283 aa  269  5e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.9 
 
 
286 aa  261  1e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
279 aa  259  3e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.48 
 
 
288 aa  258  5.0000000000000005e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
278 aa  258  6e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
278 aa  258  6e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.39 
 
 
283 aa  255  7e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.288724  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
277 aa  249  4e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
281 aa  229  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
298 aa  224  2e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
299 aa  223  3e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
281 aa  222  4.9999999999999996e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
273 aa  219  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
295 aa  219  5e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
280 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.97 
 
 
282 aa  215  8e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
277 aa  210  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.410983  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
275 aa  209  4e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
275 aa  208  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
291 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
277 aa  206  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
280 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
275 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
273 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04600  ABC-type sugar transport system, permease component  41.26 
 
 
295 aa  202  6e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.539803  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0871909  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
276 aa  198  7e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565272 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
277 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
298 aa  192  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  42.02 
 
 
289 aa  190  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
275 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
313 aa  186  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0409938  normal  0.173322 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
284 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.87 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
283 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
277 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.41 
 
 
277 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
283 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000390677  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11262  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter sugB  38.01 
 
 
274 aa  177  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00203297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
278 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273063  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
278 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
278 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.898469 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
285 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
281 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
299 aa  170  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
273 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
299 aa  168  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 
283 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
267 aa  168  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.071417  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
276 aa  168  9e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
281 aa  168  9e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
280 aa  167  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
276 aa  168  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
293 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
285 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1810  putative sugar ABC transporter, permease protein  35 
 
 
280 aa  165  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.817708  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0948  permease protein of sugar ABC transporter  38.08 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.845711  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6239  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  39.5 
 
 
286 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  40.26 
 
 
295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.55 
 
 
275 aa  162  6e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0542318  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
281 aa  162  7e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
255 aa  161  9e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
280 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.250115 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  38.04 
 
 
275 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
275 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  38.04 
 
 
275 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
272 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.531176 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
285 aa  159  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
274 aa  159  4e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1957  putative sugar ABC transporter, permease protein  35 
 
 
280 aa  159  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.605299  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
322 aa  159  5e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171707  normal  0.684803 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
279 aa  159  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
280 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.240108  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1427  putative sugar ABC transporter, permease protein  35 
 
 
280 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
280 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>