More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6239 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6239  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  100 
 
 
286 aa  569  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.33 
 
 
285 aa  477  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.63 
 
 
285 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.98 
 
 
285 aa  458  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210049  normal  0.0503947 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
275 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
280 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
277 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
279 aa  176  5e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  38.75 
 
 
280 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
277 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
283 aa  172  6.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 
275 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.92 
 
 
297 aa  170  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
276 aa  169  4e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
275 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
298 aa  168  8e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
280 aa  167  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
277 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.87 
 
 
280 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
277 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.59 
 
 
277 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
276 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
278 aa  166  5e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
278 aa  166  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0750  sugar ABC transporter, permease protein, putative  37.55 
 
 
275 aa  165  8e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
275 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.965768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1810  putative sugar ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 
280 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.817708  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
281 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0700  putative sugar ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 
275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.480284  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
280 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
279 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 
291 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
280 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.595578 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 
291 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
298 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
283 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000390677  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
288 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
275 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
283 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
275 aa  159  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
286 aa  159  7e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
292 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
281 aa  158  8e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
307 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
277 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
280 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
277 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01289  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.553016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.240108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1522  putative sugar ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
285 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
280 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1427  putative sugar ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01300  hypothetical protein  35.19 
 
 
280 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
276 aa  156  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
278 aa  155  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
282 aa  155  6e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
285 aa  155  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
276 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.173525 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
281 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
277 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1957  putative sugar ABC transporter, permease protein  35.42 
 
 
280 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.605299  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
279 aa  153  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.398115  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
299 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
277 aa  152  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
293 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
390 aa  152  8e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
293 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
282 aa  152  8.999999999999999e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  36.5 
 
 
280 aa  151  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.96 
 
 
295 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
289 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
276 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
276 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
313 aa  149  5e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
345 aa  149  6e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
291 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
280 aa  148  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.250115 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7335  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.61 
 
 
280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0398278  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.965906  normal  0.767737 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
273 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
285 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
283 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
406 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0947722  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0409938  normal  0.173322 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0948  permease protein of sugar ABC transporter  35.14 
 
 
275 aa  145  8.000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.845711  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
280 aa  145  8.000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
283 aa  145  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657095  normal  0.345018 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
281 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.44 
 
 
289 aa  144  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0418  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.78 
 
 
283 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>