33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3054 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3054  hypothetical protein  100 
 
 		 192 aa  400  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0637  hypothetical protein  63.91 
 
 		 189 aa  217  7e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  38.51 
 
 		 255 aa  135  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4785  hypothetical protein  31.11 
 
 		 227 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00673705  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1205  hypothetical protein  33.33 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0604166  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1077  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  38.89 
 
 		 174 aa  94.4  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.953926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0540  hypothetical protein  28.93 
 
 		 201 aa  94  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01628  hypothetical protein  27.67 
 
 		 195 aa  92  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2432  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  37.5 
 
 		 206 aa  90.1  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02181  hypothetical protein  29.17 
 
 		 220 aa  89  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003651  QueD-like protein  33.57 
 
 		 219 aa  88.2  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1551  hypothetical protein  29.55 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0029  hypothetical protein  35.78 
 
 		 188 aa  72  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531504  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0036  hypothetical protein  31.43 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0280  hypothetical protein  32.88 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235416  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1837  hypothetical protein  27.17 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000444384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003451  hypothetical protein  35.06 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.332004  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0472  hypothetical protein  29.92 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.517722 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4642  hypothetical protein  28 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0437  hypothetical protein  29.13 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.813761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0939  hypothetical protein  37.5 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3871  hypothetical protein  29.5 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285157  normal  0.704404 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1058  hypothetical protein  37.5 
 
 		 182 aa  53.9  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.653891  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6063  hypothetical protein  32.63 
 
 		 234 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1087  hypothetical protein  27.36 
 
 		 219 aa  48.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2102  hypothetical protein  27.36 
 
 		 228 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5157  hypothetical protein  22.44 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1303  hypothetical protein  27.1 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0873  hypothetical protein  34.62 
 
 		 100 aa  41.6  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.104334  normal  0.889939 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2298  hypothetical protein  25.45 
 
 		 228 aa  42  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.293992  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4251  hypothetical protein  29.55 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00586984  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3908  hypothetical protein  29.55 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1745  hypothetical protein  26.28 
 
 		 181 aa  41.2  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134758  normal  0.207444 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>