29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4642 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4642  hypothetical protein  100 
 
 		 176 aa  358  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1745  hypothetical protein  41.79 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134758  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1837  hypothetical protein  27.92 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000444384 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0472  hypothetical protein  30.84 
 
 		 176 aa  62  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.517722 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0437  hypothetical protein  30.84 
 
 		 176 aa  60.8  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.813761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3054  hypothetical protein  28 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2853  putative signal peptide  28.57 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2432  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  31.33 
 
 		 206 aa  53.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0637  hypothetical protein  39.66 
 
 		 189 aa  52  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0939  hypothetical protein  34.34 
 
 		 182 aa  51.6  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1058  hypothetical protein  34.34 
 
 		 182 aa  51.2  0.000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.653891  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003651  QueD-like protein  29.82 
 
 		 219 aa  50.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  26.9 
 
 		 255 aa  48.9  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02181  hypothetical protein  24.31 
 
 		 220 aa  49.3  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4637  hypothetical protein  31.25 
 
 		 238 aa  48.5  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0963382  hitchhiker  0.00119035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1077  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  34.43 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.953926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3331  hypothetical protein  31.78 
 
 		 165 aa  45.4  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.090397  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0036  hypothetical protein  25.66 
 
 		 196 aa  45.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0280  hypothetical protein  27.73 
 
 		 196 aa  45.1  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235416  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1205  hypothetical protein  24.48 
 
 		 229 aa  44.7  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0604166  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0873  hypothetical protein  42.11 
 
 		 100 aa  44.3  0.0009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.104334  normal  0.889939 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5086  hypothetical protein  31.46 
 
 		 316 aa  43.9  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.00000000190539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6063  hypothetical protein  30.4 
 
 		 234 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1922  hypothetical protein  27.18 
 
 		 282 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000370327 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5231  hypothetical protein  37.33 
 
 		 364 aa  42.4  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0774  ATP-binding protein  32.43 
 
 		 904 aa  42  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00601607  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1455  hypothetical protein  41.67 
 
 		 758 aa  42.4  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0029  hypothetical protein  28.81 
 
 		 188 aa  42  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1133  superfamily I DNA/RNA helicase  30.86 
 
 		 914 aa  41.6  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>