More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0901 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2727  transketolase, central region  58.78 
 
 		 727 aa  813    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2795  transketolase, central region  74.56 
 
 		 761 aa  1138    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2633  hypothetical protein  51.62 
 
 		 745 aa  759    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2503  hypothetical protein  51.42 
 
 		 745 aa  758    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1294  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  58.31 
 
 		 727 aa  798    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2954  transketolase, central region  57.82 
 
 		 727 aa  806    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.998903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1035  transketolase central region  72.63 
 
 		 747 aa  1151    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1045  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  58.17 
 
 		 738 aa  837    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3017  transketolase, central region  77.93 
 
 		 761 aa  1199    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2640  Transketolase domain protein  49.8 
 
 		 759 aa  670    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.326174 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2962  transketolase, central region  62.22 
 
 		 733 aa  872    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0290304  normal  0.0965541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2566  putative bifunctional enzyme  54.12 
 
 		 743 aa  768    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000104347  hitchhiker  0.000000000000144647 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2156  transketolase central region  48.64 
 
 		 790 aa  657    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3884  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  60.03 
 
 		 735 aa  830    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6420  2-oxoisovalerate dehydrogenase  47.93 
 
 		 736 aa  637    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00562183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0901  transketolase, central region  100 
 
 		 763 aa  1575    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.542357 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1956  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.68 
 
 		 721 aa  633  1e-180  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.224438 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2022  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.82 
 
 		 721 aa  635  1e-180  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.556137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1976  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  47.06 
 
 		 687 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.611209  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3610  transketolase domain-containing protein  42.71 
 
 		 805 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103993 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3370  transketolase domain-containing protein  43.09 
 
 		 792 aa  566  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1786  dehydrogenase, E1 component  28.15 
 
 		 736 aa  232  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0618  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  29.23 
 
 		 678 aa  218  4e-55  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0991  dehydrogenase E1 component  28.71 
 
 		 710 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.892178  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4110  transketolase domain-containing protein  29.91 
 
 		 692 aa  202  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3123  transketolase domain-containing protein  27.05 
 
 		 701 aa  199  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523599 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05225  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  26.98 
 
 		 688 aa  198  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.737912  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0762  transketolase domain-containing protein  31.37 
 
 		 692 aa  197  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1604  transketolase, central region  30.69 
 
 		 693 aa  186  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167534  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  33.92 
 
 		 326 aa  184  5.0000000000000004e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  34.9 
 
 		 325 aa  184  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  35.22 
 
 		 320 aa  183  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  36.04 
 
 		 324 aa  182  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1549  Transketolase domain protein  27.5 
 
 		 709 aa  178  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  36.89 
 
 		 324 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  36.89 
 
 		 324 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  36.59 
 
 		 324 aa  177  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  35.03 
 
 		 324 aa  177  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0587  dehydrogenase E1 component  28.68 
 
 		 680 aa  171  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  33.53 
 
 		 325 aa  171  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10943  putative oxidoreductase  24.86 
 
 		 668 aa  171  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.345452  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1538  Transketolase central region  26.05 
 
 		 681 aa  170  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.244278  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  33.14 
 
 		 325 aa  169  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  34.45 
 
 		 324 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  33.04 
 
 		 325 aa  168  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  27.08 
 
 		 702 aa  168  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  32.74 
 
 		 325 aa  168  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  33.04 
 
 		 325 aa  168  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  37.43 
 
 		 328 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3183  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta fusion  26.32 
 
 		 659 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.954931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  35.74 
 
 		 320 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  34.42 
 
 		 327 aa  167  8e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  33.02 
 
 		 325 aa  167  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  34.02 
 
 		 342 aa  166  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  35.93 
 
 		 352 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  33.33 
 
 		 326 aa  166  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  33.43 
 
 		 330 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  34.53 
 
 		 327 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  165  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  34.04 
 
 		 351 aa  164  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  26.51 
 
 		 791 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  36.5 
 
 		 320 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  33.13 
 
 		 322 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  26.7 
 
 		 657 aa  164  6e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  35.53 
 
 		 336 aa  164  6e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  31.27 
 
 		 325 aa  164  7e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  32.05 
 
 		 324 aa  163  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  33.64 
 
 		 326 aa  163  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  31.36 
 
 		 325 aa  163  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  31.75 
 
 		 324 aa  162  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  35.85 
 
 		 337 aa  162  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  34.85 
 
 		 327 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  34.58 
 
 		 345 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2840  dehydrogenase, E1 component  25.25 
 
 		 658 aa  162  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.479964  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  33.04 
 
 		 341 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  33.83 
 
 		 341 aa  160  6e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  34.17 
 
 		 350 aa  160  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  32.43 
 
 		 320 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  34.17 
 
 		 350 aa  160  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  33.99 
 
 		 326 aa  160  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1710  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  32.76 
 
 		 333 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  33.33 
 
 		 346 aa  158  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  34.34 
 
 		 337 aa  158  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  35.83 
 
 		 340 aa  158  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  33.33 
 
 		 346 aa  158  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19910  putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta chain  32.76 
 
 		 333 aa  158  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.045452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  33.33 
 
 		 346 aa  158  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10780  TPP-dependent dehydrogenase, E1 component beta subunit  34.15 
 
 		 328 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789214  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  34.59 
 
 		 337 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4133  putative puryvate dehydrogenase E1 component subunit beta  33.23 
 
 		 326 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0398811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  33.65 
 
 		 327 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04530  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  30.54 
 
 		 344 aa  157  5.0000000000000005e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  35.99 
 
 		 327 aa  157  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>