More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3453 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  74.88 
 
 		 418 aa  678    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  80.38 
 
 		 418 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  80.62 
 
 		 418 aa  711    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  86.36 
 
 		 418 aa  769    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  73.92 
 
 		 418 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  82.54 
 
 		 418 aa  736    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 418 aa  873    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3553  DNA-directed DNA polymerase  86.36 
 
 		 418 aa  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  78.47 
 
 		 418 aa  689    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  78.47 
 
 		 418 aa  689    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  73.44 
 
 		 418 aa  652    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2040  DNA-directed DNA polymerase  78.47 
 
 		 418 aa  694    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939043  normal  0.0886472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2171  DNA-directed DNA polymerase  66.75 
 
 		 417 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  65.79 
 
 		 417 aa  587  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  64.11 
 
 		 418 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2466  DNA-repair protein  61.96 
 
 		 417 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0312138  normal  0.965014 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2120  DNA-repair protein  70.8 
 
 		 339 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  59.71 
 
 		 418 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  59.71 
 
 		 418 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  59.71 
 
 		 418 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  51.91 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  50.83 
 
 		 421 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2284  DNA-directed DNA polymerase  74.22 
 
 		 256 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.456765  normal  0.647779 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  46.89 
 
 		 417 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  45.58 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4349  umuC protein  72.4 
 
 		 221 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.844535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0172  DNA-repair protein  75.12 
 
 		 218 aa  334  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  40.38 
 
 		 422 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  41.15 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  41.15 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  41.15 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  40.38 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  41.15 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  41.15 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  40.38 
 
 		 422 aa  308  8e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  41.15 
 
 		 422 aa  308  9e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  40.91 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  40.91 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  40.14 
 
 		 422 aa  305  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  40.66 
 
 		 426 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  41.88 
 
 		 420 aa  299  5e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  40.14 
 
 		 423 aa  296  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  39.1 
 
 		 421 aa  296  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  38.63 
 
 		 424 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  38.15 
 
 		 424 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  38.15 
 
 		 424 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  38.39 
 
 		 424 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  40.19 
 
 		 427 aa  290  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  39.19 
 
 		 421 aa  289  8e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  39.19 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  39.1 
 
 		 424 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  39.04 
 
 		 439 aa  279  8e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  39.1 
 
 		 430 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 		 424 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  35.15 
 
 		 450 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  37.44 
 
 		 426 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 		 424 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 437 aa  272  8.000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  38.12 
 
 		 425 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  34.86 
 
 		 449 aa  270  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  38.53 
 
 		 426 aa  269  7e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 		 418 aa  269  8e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  38.15 
 
 		 425 aa  268  8.999999999999999e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  38.31 
 
 		 426 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.88 
 
 		 442 aa  265  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  37.2 
 
 		 425 aa  264  3e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  34.95 
 
 		 432 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  37.71 
 
 		 426 aa  262  1e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  36.19 
 
 		 420 aa  261  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 437 aa  261  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  35.76 
 
 		 425 aa  256  4e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  36.08 
 
 		 423 aa  256  6e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  35.46 
 
 		 436 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  33.73 
 
 		 446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  39.68 
 
 		 418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  34.89 
 
 		 450 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  34.93 
 
 		 422 aa  253  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.23 
 
 		 419 aa  253  5.000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  38.75 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.65 
 
 		 420 aa  252  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  35.22 
 
 		 422 aa  251  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  32.63 
 
 		 426 aa  249  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  35.63 
 
 		 423 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  35.66 
 
 		 428 aa  248  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  34.94 
 
 		 432 aa  246  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 		 442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  35.68 
 
 		 423 aa  243  7e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 		 424 aa  239  5e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  35.7 
 
 		 432 aa  239  5e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 426 aa  239  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  34.78 
 
 		 497 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 478 aa  235  9e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02943  umuC protein  52.21 
 
 		 233 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  33.64 
 
 		 492 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  34.67 
 
 		 443 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  31.12 
 
 		 422 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  33.41 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  33.57 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  32.16 
 
 		 419 aa  222  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>