More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3353 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0554  malate dehydrogenase  86.17 
 
 		 414 aa  715    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4118  malate oxidoreductase, putative  85.68 
 
 		 414 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0448  malate dehydrogenase  86.92 
 
 		 415 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3841  malate dehydrogenase  85.92 
 
 		 414 aa  713    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0383  malate dehydrogenase  84.47 
 
 		 415 aa  712    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4423  malate dehydrogenase  86.2 
 
 		 415 aa  734    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00051  malate oxidoreductase  76.96 
 
 		 425 aa  636    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002303  NADP-dependent malic enzyme  76.96 
 
 		 425 aa  637    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.751894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3774  malate dehydrogenase  84.88 
 
 		 416 aa  696    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3353  malate dehydrogenase  100 
 
 		 412 aa  845    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0499  malate dehydrogenase  85.92 
 
 		 414 aa  713    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0538  malate dehydrogenase  84.99 
 
 		 415 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0478  malate dehydrogenase  85.92 
 
 		 414 aa  713    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4187  malate dehydrogenase  77.07 
 
 		 415 aa  649    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3492  malate dehydrogenase  86.17 
 
 		 414 aa  712    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0460  malate dehydrogenase  86.65 
 
 		 414 aa  716    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3757  malate dehydrogenase  90 
 
 		 415 aa  768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0502  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  85.44 
 
 		 414 aa  709    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3669  malic enzyme, NAD-binding  86.41 
 
 		 414 aa  712    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2745  NADP-dependent malic enzyme  77.02 
 
 		 415 aa  633  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03522  NADP-dependent malic enzyme  74.63 
 
 		 411 aa  634  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2051  NADP-dependent malic enzyme, truncated  74.51 
 
 		 413 aa  618  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4881  NADP-dependent malic enzyme, truncated  74.76 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.160981  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0331  NADP-dependent malic enzyme, truncated  75.24 
 
 		 413 aa  614  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2254  putative malate dehydrogenase  75.55 
 
 		 425 aa  608  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.966162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0824  malate dehydrogenase  72.52 
 
 		 421 aa  588  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00610824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45330  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  68.93 
 
 		 422 aa  578  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4123  malate dehydrogenase  70.79 
 
 		 422 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0085913  hitchhiker  0.00000090727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2300  malate dehydrogenase  68.37 
 
 		 414 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5783  malic enzyme  68.69 
 
 		 422 aa  564  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66680  malic enzyme  68.69 
 
 		 422 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5085  malic enzyme  67.48 
 
 		 422 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.14164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0380  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 425 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0403  malic enzyme, NAD-binding  67.23 
 
 		 450 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0605  malate dehydrogenase  67 
 
 		 432 aa  558  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5135  malate dehydrogenase  67.72 
 
 		 425 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4958  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 425 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5134  malic enzyme family protein  66.99 
 
 		 422 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0185619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0401  malate dehydrogenase  66.99 
 
 		 422 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0540  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 422 aa  548  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1765  malate dehydrogenase  66.26 
 
 		 422 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43250  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  65.85 
 
 		 414 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.413003  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2970  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  64.04 
 
 		 412 aa  532  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.017346  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0705  hypothetical protein  64.29 
 
 		 411 aa  531  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0687  hypothetical protein  64.29 
 
 		 411 aa  533  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2378  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  65.1 
 
 		 406 aa  518  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0813409  normal  0.0779687 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2058  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  63.73 
 
 		 478 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384366  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3833  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  60.39 
 
 		 771 aa  490  1e-137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.701616  normal  0.763898 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1181  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  60.15 
 
 		 407 aa  474  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.682701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0244  malate dehydrogenase  58.9 
 
 		 401 aa  474  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  468  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.692294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  58.64 
 
 		 752 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2616  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2911  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  59.6 
 
 		 755 aa  467  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2664  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  57.42 
 
 		 752 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2731  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3722  malic enzyme  59.06 
 
 		 766 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2838  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2705  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02354  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  464  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1207  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.795246  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2321  malic enzyme  59 
 
 		 749 aa  464  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3684  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.392037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2592  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1269  malic enzyme  57.32 
 
 		 779 aa  461  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.525931  normal  0.614845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02316  hypothetical protein  59.31 
 
 		 759 aa  464  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1888  malic enzyme  58.75 
 
 		 749 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2609  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1214  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2829  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.946085  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2741  malic enzyme  59.31 
 
 		 759 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0027  malic enzyme  58.27 
 
 		 757 aa  461  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.376486  normal  0.721374 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2798  malic enzyme  57.35 
 
 		 780 aa  462  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.272512 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4968  malic enzyme  58.1 
 
 		 762 aa  459  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1298  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)  57 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  57.14 
 
 		 776 aa  460  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3213  malic enzyme  56.66 
 
 		 759 aa  460  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3020  malic enzyme  59 
 
 		 761 aa  459  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0765  malic enzyme  57.8 
 
 		 754 aa  458  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0423248  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0279  malic enzyme  58.17 
 
 		 759 aa  457  1e-127  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3472  malic enzyme  57.32 
 
 		 759 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.382642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1243  malic enzyme  57.46 
 
 		 769 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0990  malic enzyme  57.07 
 
 		 759 aa  455  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01220  NADP-dependent malate dehydrogenase  57.61 
 
 		 766 aa  458  1e-127  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189364  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0848  malic enzyme  55.96 
 
 		 760 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1455  malic enzyme  56.39 
 
 		 779 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3467  malic enzyme  56.2 
 
 		 752 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1367  malic enzyme  56.08 
 
 		 779 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0754  malic enzyme  56.58 
 
 		 759 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0943824  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02395  malic enzyme  55.58 
 
 		 769 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.766678  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1209  oxaloacetate-decarboxylating malate dehydrogenase (NADP(+)) phosphate acetyltransferase  57.36 
 
 		 761 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000448619 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0093  malic enzyme  54.43 
 
 		 769 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.351367  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0997  malic enzyme  56.08 
 
 		 777 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.158987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1262  malic enzyme  58.54 
 
 		 752 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00802649  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3943  malic enzyme  56.33 
 
 		 758 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00128716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1029  malic enzyme  56.58 
 
 		 764 aa  450  1e-125  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0048  malic enzyme  56.83 
 
 		 761 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0265  malic enzyme  54.39 
 
 		 764 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.8165  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3110  malic enzyme  55.11 
 
 		 756 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>