More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1181 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1181  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  100 
 
 		 407 aa  817    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.682701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2970  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  69.17 
 
 		 412 aa  556  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.017346  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2378  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  68.91 
 
 		 406 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0813409  normal  0.0779687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0401  malate dehydrogenase  65.91 
 
 		 422 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1765  malate dehydrogenase  66.08 
 
 		 422 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5134  malic enzyme family protein  65.66 
 
 		 422 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0185619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0824  malate dehydrogenase  65.3 
 
 		 421 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00610824  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5085  malic enzyme  64.9 
 
 		 422 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.14164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5135  malate dehydrogenase  64.82 
 
 		 425 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4958  malate dehydrogenase  64.57 
 
 		 425 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0403  malic enzyme, NAD-binding  64.9 
 
 		 450 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0380  malate dehydrogenase  64.32 
 
 		 425 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0705  hypothetical protein  64.38 
 
 		 411 aa  516  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0687  hypothetical protein  64.38 
 
 		 411 aa  515  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45330  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  63.13 
 
 		 422 aa  511  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5783  malic enzyme  64.39 
 
 		 422 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66680  malic enzyme  64.65 
 
 		 422 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0540  malate dehydrogenase  64.65 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0554  malate dehydrogenase  62.34 
 
 		 414 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0210  malic enzyme  60.59 
 
 		 754 aa  499  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4423  malate dehydrogenase  60.45 
 
 		 415 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43250  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  62.57 
 
 		 414 aa  494  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.413003  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1217  malic enzyme  61.35 
 
 		 759 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  60.65 
 
 		 752 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3467  malic enzyme  61.44 
 
 		 752 aa  495  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2058  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  62.44 
 
 		 478 aa  495  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384366  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2878  malic enzyme  61.35 
 
 		 751 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3669  malic enzyme, NAD-binding  61.82 
 
 		 414 aa  495  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  61.15 
 
 		 752 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0331  NADP-dependent malic enzyme, truncated  62.66 
 
 		 413 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4118  malate oxidoreductase, putative  61.82 
 
 		 414 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4123  malate dehydrogenase  63.61 
 
 		 422 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0085913  hitchhiker  0.00000090727 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0605  malate dehydrogenase  61.83 
 
 		 432 aa  492  9.999999999999999e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3492  malate dehydrogenase  61.56 
 
 		 414 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0460  malate dehydrogenase  61.56 
 
 		 414 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3757  malate dehydrogenase  60.45 
 
 		 415 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2300  malate dehydrogenase  61.62 
 
 		 414 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0848  malic enzyme  60.95 
 
 		 760 aa  491  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0448  malate dehydrogenase  62.34 
 
 		 415 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4881  NADP-dependent malic enzyme, truncated  60.88 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.160981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0502  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  61.96 
 
 		 414 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0499  malate dehydrogenase  62.22 
 
 		 414 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3841  malate dehydrogenase  62.22 
 
 		 414 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2798  malic enzyme  60.36 
 
 		 780 aa  488  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.272512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0478  malate dehydrogenase  62.22 
 
 		 414 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03522  NADP-dependent malic enzyme  59.85 
 
 		 411 aa  491  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4187  malate dehydrogenase  60.86 
 
 		 415 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0244  malate dehydrogenase  61.03 
 
 		 401 aa  487  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4968  malic enzyme  59.65 
 
 		 762 aa  486  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2877  malic enzyme  61.85 
 
 		 751 aa  484  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.857329 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2321  malic enzyme  59.09 
 
 		 749 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1888  malic enzyme  59.09 
 
 		 749 aa  483  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002303  NADP-dependent malic enzyme  60.94 
 
 		 425 aa  484  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.751894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0383  malate dehydrogenase  61.21 
 
 		 415 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1455  malic enzyme  59.85 
 
 		 779 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00051  malate oxidoreductase  60.94 
 
 		 425 aa  483  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3353  malate dehydrogenase  60.2 
 
 		 412 aa  482  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0279  malic enzyme  59.55 
 
 		 759 aa  478  1e-134  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0248  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  58.9 
 
 		 757 aa  479  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1209  oxaloacetate-decarboxylating malate dehydrogenase (NADP(+)) phosphate acetyltransferase  59.15 
 
 		 761 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000448619 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2654  malic enzyme  61.1 
 
 		 751 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.820528 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2051  NADP-dependent malic enzyme, truncated  60.57 
 
 		 413 aa  476  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1582  malic enzyme  60.1 
 
 		 783 aa  478  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3833  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  57.39 
 
 		 771 aa  476  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.701616  normal  0.763898 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2745  NADP-dependent malic enzyme  59.23 
 
 		 415 aa  476  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3774  malate dehydrogenase  61.04 
 
 		 416 aa  475  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2073  malic enzyme  61.42 
 
 		 752 aa  478  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000040152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3484  malic enzyme  60.1 
 
 		 749 aa  478  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0538  malate dehydrogenase  60.45 
 
 		 415 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0158  malic enzyme  60.73 
 
 		 764 aa  473  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3598  malic enzyme  59.29 
 
 		 754 aa  472  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2792  malic enzyme  61.4 
 
 		 754 aa  472  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.776027  normal  0.163091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7102  malic enzyme  60.81 
 
 		 763 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30073  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01220  NADP-dependent malate dehydrogenase  57.71 
 
 		 766 aa  469  1.0000000000000001e-131  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3542  malic enzyme  57.88 
 
 		 753 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1324  malic enzyme  61.42 
 
 		 749 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.591813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6546  malic enzyme  60.56 
 
 		 763 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00415909  normal  0.365189 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2959  malic enzyme  61.68 
 
 		 749 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0033  malic enzyme  60.56 
 
 		 761 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.43478 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0461  malic enzyme  60.35 
 
 		 758 aa  465  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0951563 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0048  malic enzyme  59.8 
 
 		 761 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0448  malic enzyme  60.35 
 
 		 758 aa  466  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4030  malic enzyme  60.37 
 
 		 761 aa  465  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1262  malic enzyme  59.54 
 
 		 752 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00802649  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  58.44 
 
 		 759 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.692294 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0502  malic enzyme  59.64 
 
 		 773 aa  461  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214908  normal  0.395596 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1298  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)  57.68 
 
 		 440 aa  463  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0027  malic enzyme  56.82 
 
 		 757 aa  461  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.376486  normal  0.721374 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  55.14 
 
 		 776 aa  462  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0500  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+)), Phosphate acetyltransferase  56.28 
 
 		 751 aa  458  9.999999999999999e-129  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0765  malic enzyme  57.32 
 
 		 754 aa  459  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0423248  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3930  malic enzyme  59.39 
 
 		 771 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2911  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  57.39 
 
 		 755 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4039  malic enzyme  59.64 
 
 		 771 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.601427  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4217  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  60.1 
 
 		 764 aa  461  9.999999999999999e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.665335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2777  malic enzyme  63.32 
 
 		 757 aa  460  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0405643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0660  malic enzyme family protein  61.12 
 
 		 412 aa  455  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0809  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  61.12 
 
 		 412 aa  455  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2869  malic enzyme  56.57 
 
 		 761 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000177126 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1333  malic enzyme  56.65 
 
 		 758 aa  455  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.306693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>