More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0380 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5085  malic enzyme  99.29 
 
 		 422 aa  847    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.14164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0380  malate dehydrogenase  100 
 
 		 425 aa  860    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5134  malic enzyme family protein  90.28 
 
 		 422 aa  783    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0185619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0401  malate dehydrogenase  89.81 
 
 		 422 aa  778    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0540  malate dehydrogenase  91 
 
 		 422 aa  760    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0403  malic enzyme, NAD-binding  91.47 
 
 		 450 aa  790    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4958  malate dehydrogenase  99.29 
 
 		 425 aa  854    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4123  malate dehydrogenase  76.2 
 
 		 422 aa  639    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0085913  hitchhiker  0.00000090727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1765  malate dehydrogenase  94.51 
 
 		 422 aa  806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188072 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0605  malate dehydrogenase  76.48 
 
 		 432 aa  666    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5135  malate dehydrogenase  99.06 
 
 		 425 aa  852    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45330  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  89.07 
 
 		 422 aa  773    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5783  malic enzyme  90.28 
 
 		 422 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66680  malic enzyme  90.28 
 
 		 422 aa  761    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0824  malate dehydrogenase  79.47 
 
 		 421 aa  687    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00610824  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2300  malate dehydrogenase  70.63 
 
 		 414 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43250  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  72.02 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.413003  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4187  malate dehydrogenase  69.88 
 
 		 415 aa  587  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002303  NADP-dependent malic enzyme  70.02 
 
 		 425 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.751894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00051  malate oxidoreductase  69.04 
 
 		 425 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03522  NADP-dependent malic enzyme  68.47 
 
 		 411 aa  575  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2745  NADP-dependent malic enzyme  68.78 
 
 		 415 aa  573  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4423  malate dehydrogenase  67.55 
 
 		 415 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4881  NADP-dependent malic enzyme, truncated  67.88 
 
 		 415 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.160981  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2970  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  67.98 
 
 		 412 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.017346  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0383  malate dehydrogenase  68.28 
 
 		 415 aa  567  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3757  malate dehydrogenase  67.56 
 
 		 415 aa  566  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0448  malate dehydrogenase  68.77 
 
 		 415 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2051  NADP-dependent malic enzyme, truncated  67.64 
 
 		 413 aa  560  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3353  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 412 aa  560  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0331  NADP-dependent malic enzyme, truncated  66.91 
 
 		 413 aa  557  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4118  malate oxidoreductase, putative  68.69 
 
 		 414 aa  555  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2378  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  68.83 
 
 		 406 aa  555  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0813409  normal  0.0779687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0478  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 414 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0460  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 414 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3841  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 414 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3669  malic enzyme, NAD-binding  67.72 
 
 		 414 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0499  malate dehydrogenase  67.48 
 
 		 414 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0554  malate dehydrogenase  68.05 
 
 		 414 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2254  putative malate dehydrogenase  68.38 
 
 		 425 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.966162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0502  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  67.23 
 
 		 414 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3774  malate dehydrogenase  68.97 
 
 		 416 aa  548  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3492  malate dehydrogenase  67.23 
 
 		 414 aa  548  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0538  malate dehydrogenase  65.78 
 
 		 415 aa  545  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0279  malic enzyme  64.04 
 
 		 759 aa  521  1e-147  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0244  malate dehydrogenase  63.57 
 
 		 401 aa  519  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0687  hypothetical protein  65.27 
 
 		 411 aa  514  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0705  hypothetical protein  65.27 
 
 		 411 aa  513  1e-144  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1181  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  64.51 
 
 		 407 aa  511  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.682701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2058  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  62.93 
 
 		 478 aa  510  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384366  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2798  malic enzyme  62.68 
 
 		 780 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.272512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3833  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  62.91 
 
 		 771 aa  504  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.701616  normal  0.763898 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  63.03 
 
 		 752 aa  501  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1455  malic enzyme  62.2 
 
 		 779 aa  504  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0848  malic enzyme  62.28 
 
 		 760 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01220  NADP-dependent malate dehydrogenase  63.16 
 
 		 766 aa  499  1e-140  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189364  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0027  malic enzyme  62.53 
 
 		 757 aa  498  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.376486  normal  0.721374 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  62.78 
 
 		 752 aa  494  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3722  malic enzyme  61.98 
 
 		 766 aa  497  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3467  malic enzyme  61.29 
 
 		 752 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0765  malic enzyme  62.44 
 
 		 754 aa  489  1e-137  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0423248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1217  malic enzyme  59.71 
 
 		 759 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2878  malic enzyme  60.75 
 
 		 751 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1651  malic enzyme  63.68 
 
 		 763 aa  489  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1333  malic enzyme  61.98 
 
 		 758 aa  488  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.306693 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1582  malic enzyme  61.71 
 
 		 783 aa  485  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1269  malic enzyme  58.81 
 
 		 779 aa  486  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.525931  normal  0.614845 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0210  malic enzyme  60.05 
 
 		 754 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  59.31 
 
 		 776 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3020  malic enzyme  62.34 
 
 		 761 aa  487  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0461  malic enzyme  61.76 
 
 		 758 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0951563 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0448  malic enzyme  61.76 
 
 		 758 aa  482  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0248  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  61.15 
 
 		 757 aa  482  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02354  malic enzyme  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1207  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.795246  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2592  malic enzyme  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2609  malic enzyme  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3684  malic enzyme  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.392037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2829  malic enzyme  60.25 
 
 		 759 aa  478  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.946085  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2654  malic enzyme  61 
 
 		 751 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.820528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  60.25 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.692294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2911  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  60.9 
 
 		 755 aa  479  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0502  malic enzyme  62.47 
 
 		 773 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214908  normal  0.395596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1209  oxaloacetate-decarboxylating malate dehydrogenase (NADP(+)) phosphate acetyltransferase  61.19 
 
 		 761 aa  479  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000448619 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2741  malic enzyme  60.25 
 
 		 759 aa  478  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4968  malic enzyme  60.5 
 
 		 762 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1214  malic enzyme  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1888  malic enzyme  60.55 
 
 		 749 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02316  hypothetical protein  60.1 
 
 		 759 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2321  malic enzyme  60.55 
 
 		 749 aa  479  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6546  malic enzyme  61.07 
 
 		 763 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00415909  normal  0.365189 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2664  malic enzyme  59.71 
 
 		 759 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2731  malic enzyme  59.71 
 
 		 759 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3352  malic enzyme  58.17 
 
 		 763 aa  476  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7102  malic enzyme  61.07 
 
 		 763 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30073  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2838  malic enzyme  59.71 
 
 		 759 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0997  malic enzyme  57.99 
 
 		 777 aa  475  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.158987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3472  malic enzyme  59.51 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.382642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2073  malic enzyme  62.53 
 
 		 752 aa  478  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000040152  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2705  malic enzyme  59.71 
 
 		 759 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>