More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0538 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0331  NADP-dependent malic enzyme, truncated  75.36 
 
 		 413 aa  636    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4118  malate oxidoreductase, putative  85.85 
 
 		 414 aa  709    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3841  malate dehydrogenase  86.34 
 
 		 414 aa  711    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0538  malate dehydrogenase  100 
 
 		 415 aa  845    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4423  malate dehydrogenase  91.79 
 
 		 415 aa  790    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0554  malate dehydrogenase  85.61 
 
 		 414 aa  706    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0448  malate dehydrogenase  90.1 
 
 		 415 aa  759    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0502  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  85.85 
 
 		 414 aa  707    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0383  malate dehydrogenase  93.72 
 
 		 415 aa  785    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3774  malate dehydrogenase  91.3 
 
 		 416 aa  745    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0478  malate dehydrogenase  86.34 
 
 		 414 aa  711    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3353  malate dehydrogenase  84.99 
 
 		 412 aa  730    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0499  malate dehydrogenase  86.34 
 
 		 414 aa  711    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002303  NADP-dependent malic enzyme  77.32 
 
 		 425 aa  643    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.751894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4187  malate dehydrogenase  76.57 
 
 		 415 aa  653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3492  malate dehydrogenase  86.83 
 
 		 414 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0460  malate dehydrogenase  86.83 
 
 		 414 aa  717    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3757  malate dehydrogenase  84.99 
 
 		 415 aa  734    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03522  NADP-dependent malic enzyme  74.27 
 
 		 411 aa  638    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00051  malate oxidoreductase  77.8 
 
 		 425 aa  646    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3669  malic enzyme, NAD-binding  86.59 
 
 		 414 aa  714    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4881  NADP-dependent malic enzyme, truncated  75.36 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.160981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2745  NADP-dependent malic enzyme  75.54 
 
 		 415 aa  633  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2254  putative malate dehydrogenase  76.64 
 
 		 425 aa  626  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.966162  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2051  NADP-dependent malic enzyme, truncated  74.64 
 
 		 413 aa  626  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0824  malate dehydrogenase  71.22 
 
 		 421 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00610824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4123  malate dehydrogenase  67.55 
 
 		 422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0085913  hitchhiker  0.00000090727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5134  malic enzyme family protein  66.99 
 
 		 422 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0185619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0401  malate dehydrogenase  66.99 
 
 		 422 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45330  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  66.51 
 
 		 422 aa  564  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0403  malic enzyme, NAD-binding  66.51 
 
 		 450 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0605  malate dehydrogenase  65.62 
 
 		 432 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2300  malate dehydrogenase  67.65 
 
 		 414 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0380  malate dehydrogenase  65.78 
 
 		 425 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5135  malate dehydrogenase  65.78 
 
 		 425 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66680  malic enzyme  66.27 
 
 		 422 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5085  malic enzyme  65.54 
 
 		 422 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.14164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4958  malate dehydrogenase  65.54 
 
 		 425 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5783  malic enzyme  66.51 
 
 		 422 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43250  malate dehydrogenase (oxaloacetate decarboxylating) (NADP+)  65.62 
 
 		 414 aa  544  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.413003  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0540  malate dehydrogenase  65.78 
 
 		 422 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2970  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  64.44 
 
 		 412 aa  541  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.017346  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1765  malate dehydrogenase  64.56 
 
 		 422 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188072 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2378  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  65.76 
 
 		 406 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0813409  normal  0.0779687 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2058  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  64.68 
 
 		 478 aa  522  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384366  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0705  hypothetical protein  63.55 
 
 		 411 aa  518  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0687  hypothetical protein  63.55 
 
 		 411 aa  520  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1181  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  60.41 
 
 		 407 aa  484  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.682701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2664  malic enzyme  62.03 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2838  malic enzyme  62.03 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2731  malic enzyme  62.03 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2705  malic enzyme  62.03 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2616  malic enzyme  62.03 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.692294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02354  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1207  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.795246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1214  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2609  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3684  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.392037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2829  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.946085  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2741  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  478  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1029  malic enzyme  60.55 
 
 		 764 aa  477  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3722  malic enzyme  61.54 
 
 		 766 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02316  hypothetical protein  61.54 
 
 		 759 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2592  malic enzyme  61.54 
 
 		 759 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3833  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  58.75 
 
 		 771 aa  473  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.701616  normal  0.763898 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  58.62 
 
 		 776 aa  471  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0244  malate dehydrogenase  57.39 
 
 		 401 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  60.35 
 
 		 752 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4968  malic enzyme  59.75 
 
 		 762 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02395  malic enzyme  58.46 
 
 		 769 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.766678  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2798  malic enzyme  60.05 
 
 		 780 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.272512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3943  malic enzyme  58.31 
 
 		 758 aa  467  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00128716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1888  malic enzyme  60 
 
 		 749 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2321  malic enzyme  60.3 
 
 		 749 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0990  malic enzyme  59.16 
 
 		 759 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1298  malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)  60.4 
 
 		 440 aa  465  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3213  malic enzyme  58.35 
 
 		 759 aa  464  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3020  malic enzyme  60.59 
 
 		 761 aa  462  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0754  malic enzyme  58.66 
 
 		 759 aa  462  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0943824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0048  malic enzyme  60.5 
 
 		 761 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2767  malic enzyme  59.7 
 
 		 781 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0582903  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2224  malic enzyme  59.6 
 
 		 759 aa  459  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0765  malic enzyme  58.5 
 
 		 754 aa  458  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0423248  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1455  malic enzyme  59.01 
 
 		 779 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1209  oxaloacetate-decarboxylating malate dehydrogenase (NADP(+)) phosphate acetyltransferase  57.5 
 
 		 761 aa  461  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000448619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2289  malic enzyme  59.35 
 
 		 757 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999733  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  58.85 
 
 		 752 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0848  malic enzyme  58.35 
 
 		 760 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1269  malic enzyme  55.28 
 
 		 779 aa  454  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.525931  normal  0.614845 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3292  malic enzyme  56.73 
 
 		 759 aa  457  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1367  malic enzyme  56.37 
 
 		 779 aa  454  1e-127  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3110  malic enzyme  56.61 
 
 		 756 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3472  malic enzyme  57.82 
 
 		 759 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.382642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0997  malic enzyme  56.62 
 
 		 777 aa  455  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.158987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1573  malic enzyme  59.7 
 
 		 759 aa  455  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2106  malic enzyme  57.21 
 
 		 765 aa  455  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12577  normal  0.161239 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0027  malic enzyme  56.68 
 
 		 757 aa  457  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.376486  normal  0.721374 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0265  malic enzyme  57.11 
 
 		 764 aa  457  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.8165  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1243  malic enzyme  58.21 
 
 		 769 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>