196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2545 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2545  putative mRNA-binding protein  100 
 
 
327 aa  673    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0962067  hitchhiker  0.000986877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
327 aa  314  1.9999999999999998e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.596937  normal  0.966404 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.53 
 
 
339 aa  304  1.0000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.550308  hitchhiker  0.00907782 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.38 
 
 
335 aa  298  7e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.293726  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27320  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  45.96 
 
 
329 aa  293  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.572933 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.18 
 
 
350 aa  286  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0263  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.53 
 
 
338 aa  286  5e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.58 
 
 
342 aa  282  5.000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.532871  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.23 
 
 
339 aa  279  4e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.58 
 
 
333 aa  277  2e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.05 
 
 
326 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.79798  normal  0.123393 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.4 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.982727  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0557769  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.98 
 
 
336 aa  171  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
331 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.01826  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
309 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.81324 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2001  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
309 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2101  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.3 
 
 
313 aa  85.1  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2758  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2691  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.4 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1826  mRNA-binding protein  24.54 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1460  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.51 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100669  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0625265  normal  0.5655 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8770  NAD dependent epimerase/dehydratase family  25.15 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.369842 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
353 aa  69.7  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0776  nucleotide sugar epimerase  24.81 
 
 
306 aa  68.9  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1877  nucleotide sugar epimerase  24.22 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.964376  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4700  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.71 
 
 
334 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.268858  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17471  putative mRNA binding protein  24.81 
 
 
341 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5601  oxidoreductase domain protein  28.76 
 
 
746 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.05 
 
 
345 aa  64.3  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
330 aa  62  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 
328 aa  62.4  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.98 
 
 
336 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250908  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
305 aa  59.7  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 
301 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5301  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.79 
 
 
321 aa  59.3  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0205  putative mRNA binding protein  25.86 
 
 
307 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08371  putative mRNA binding protein  26.29 
 
 
307 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.499278  normal  0.0509544 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
328 aa  57.4  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.30935  normal  0.512704 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
337 aa  57.4  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.472972 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
326 aa  56.2  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0315  oxidoreductase domain-containing protein  25.48 
 
 
694 aa  56.2  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596905  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.48 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.948095  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.2 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 
299 aa  55.1  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.41 
 
 
331 aa  54.7  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
326 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.58 
 
 
320 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.28 
 
 
315 aa  53.5  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
322 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
318 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 
315 aa  53.1  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.79 
 
 
314 aa  53.1  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2035  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
352 aa  52.8  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0499801  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.3 
 
 
340 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
322 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30466  predicted protein  22.26 
 
 
361 aa  52.4  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.37 
 
 
329 aa  51.2  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
321 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1066  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.47 
 
 
321 aa  50.8  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
321 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  22.49 
 
 
310 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.13 
 
 
345 aa  50.8  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
329 aa  51.2  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000513582  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
330 aa  50.8  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.672845  hitchhiker  0.00016367 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.32 
 
 
313 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.18 
 
 
318 aa  50.4  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.14 
 
 
327 aa  50.1  0.00005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0632  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.15 
 
 
340 aa  50.1  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1575  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
330 aa  50.1  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.684899 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.17 
 
 
357 aa  50.1  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.26 
 
 
340 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.61 
 
 
352 aa  50.1  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_43169  predicted protein  25 
 
 
404 aa  49.7  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0856686  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.54 
 
 
312 aa  49.3  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.96 
 
 
345 aa  49.3  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0805  putative mRNA binding protein  22.52 
 
 
306 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.788288  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.74 
 
 
335 aa  49.3  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.02 
 
 
327 aa  48.9  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.76 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.12 
 
 
328 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.74 
 
 
310 aa  48.9  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.62 
 
 
337 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.271886  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4508  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
316 aa  48.9  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.18 
 
 
321 aa  47.8  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.45 
 
 
333 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.459619  normal  0.136094 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.46 
 
 
329 aa  48.1  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08611  putative mRNA binding protein  22.52 
 
 
306 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08581  putative mRNA binding protein  21.85 
 
 
306 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.07 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  27.89 
 
 
680 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.92 
 
 
334 aa  47.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0370756  normal  0.0889477 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
334 aa  47.8  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
328 aa  47.4  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.66 
 
 
357 aa  47.8  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.5 
 
 
354 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 
336 aa  47.8  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>