More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1533 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01274  gamma-Glu-putrescine synthase  98.73 
 
 		 472 aa  968    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.798701  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2349  glutamine synthetase catalytic region  99.15 
 
 		 472 aa  970    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1412  glutamate--putrescine ligase  98.52 
 
 		 472 aa  965    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3216  glutamine synthetase catalytic region  79.66 
 
 		 472 aa  792    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0110604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01285  hypothetical protein  98.73 
 
 		 472 aa  968    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.904201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2328  glutamine synthetase catalytic region  99.15 
 
 		 472 aa  970    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1939  glutamate--putrescine ligase  99.36 
 
 		 472 aa  972    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.23252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1506  glutamate--putrescine ligase  99.15 
 
 		 472 aa  970    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1533  glutamate--putrescine ligase  100 
 
 		 472 aa  980    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1825  glutamate--putrescine ligase  99.15 
 
 		 472 aa  970    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0546478 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2068  glutamate--putrescine ligase  81.57 
 
 		 472 aa  806    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0584  glutamine synthetase catalytic region  50.64 
 
 		 465 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4677  glutamine synthetase family protein  47.56 
 
 		 456 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0387  glutamine synthetase  44.49 
 
 		 458 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03860  putative glutamine synthetase  44.49 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5299  glutamine synthetase, putative  43.9 
 
 		 460 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.238566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5091  glutamate--putrescine ligase  44.72 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5347  glutamate--putrescine ligase  44.12 
 
 		 460 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3247  glutamine synthetase  44.04 
 
 		 458 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5208  glutamate--putrescine ligase  43.9 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.179896  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5184  glutamine synthetase, putative  44.49 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.92577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0279  glutamate--putrescine ligase  44.72 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2122  L-glutamine synthetase  44.49 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0668807  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0174  glutamate--putrescine ligase  44.35 
 
 		 460 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38140  putative glutamine synthetase  43.82 
 
 		 458 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0019966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5244  glutamate--putrescine ligase  44.49 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5310  glutamine synthetase  43.6 
 
 		 458 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0341  L-glutamine synthetase  43.95 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0727612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4868  glutamate--ammonia ligase  43.6 
 
 		 458 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5408  L-glutamine synthetase  43.37 
 
 		 458 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.532857  hitchhiker  0.00182517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48880  glutamine synthetase  44.27 
 
 		 458 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1181  L-glutamine synthetase  44.52 
 
 		 451 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0955  glutamine synthetase catalytic region  40.62 
 
 		 461 aa  355  8.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00464  gamma-glutamylputrescine synthetase  42.53 
 
 		 459 aa  337  2.9999999999999997e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.446878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3952  glutamine synthetase catalytic region  39.16 
 
 		 459 aa  323  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2336  glutamine synthetase catalytic region  38.53 
 
 		 466 aa  322  8e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3524  glutamate--putrescine ligase  40.45 
 
 		 444 aa  314  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.435958  normal  0.190458 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1118  glutamate--ammonia ligase  35.46 
 
 		 463 aa  300  3e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.770456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1568  L-glutamine synthetase  37.69 
 
 		 468 aa  299  9e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.719328  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0219  glutamine synthetase, catalytic region  37.69 
 
 		 464 aa  299  9e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3049  glutamine synthetase, catalytic region  37.33 
 
 		 464 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.486199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2717  glutamine synthetase catalytic region  38.36 
 
 		 455 aa  295  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648356 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2416  glutamine synthetase catalytic region  37.28 
 
 		 455 aa  292  9e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6323  glutamine synthetase  37.56 
 
 		 455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1174  glutamate--ammonia ligase  38.41 
 
 		 455 aa  289  7e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0546  glutamine synthetase, catalytic region  35.84 
 
 		 453 aa  289  8e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0887  glutamine synthetase catalytic region  37.58 
 
 		 459 aa  289  9e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4525  L-glutamine synthetase  38.46 
 
 		 455 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3559  glutamine synthetase, catalytic region  37.89 
 
 		 448 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.610228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1785  glutamine synthetase catalytic region  37.89 
 
 		 448 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3702  glutamate--ammonia ligase  36.18 
 
 		 443 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2178  glutamine synthetase, putative  37.78 
 
 		 448 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72850  putative glutamine synthetase  36.59 
 
 		 455 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0866  glutamate--putrescine ligase  36.85 
 
 		 445 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1845  glutamine synthetase catalytic region  37.03 
 
 		 451 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.561959  hitchhiker  0.00870398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4547  glutamine synthetase, putative  37.17 
 
 		 454 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2019  glutamate--ammonia ligase  36.63 
 
 		 445 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0375  L-glutamine synthetase  36.63 
 
 		 445 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0951  glutamine synthetase catalytic region  36.79 
 
 		 450 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2143  L-glutamine synthetase  37.39 
 
 		 454 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44240  putative glutamine synthetase  37.17 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1342  glutamate--putrescine ligase  36.96 
 
 		 459 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738876  normal  0.165008 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1253  glutamine synthetase, catalytic region  36.88 
 
 		 454 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3764  hypothetical protein  36.74 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3842  glutamate--putrescine ligase  36.87 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0804  glutamine synthetase, catalytic region  37 
 
 		 448 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0418139  normal  0.144728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4054  glutamine synthetase catalytic region  37.09 
 
 		 454 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2634  glutamate--putrescine ligase  36.44 
 
 		 448 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0507413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5385  glutamine synthetase catalytic region  36.34 
 
 		 448 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.347557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3465  glutamine synthetase, catalytic region  36.34 
 
 		 448 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4901  glutamine synthetase, catalytic region  36.34 
 
 		 448 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1397  glutamate--ammonia ligase  36.87 
 
 		 452 aa  263  6.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4806  glutamine synthetase catalytic region  36.67 
 
 		 448 aa  261  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1406  glutamine synthetase  35.19 
 
 		 451 aa  260  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483277  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1100  Glutamate--putrescine ligase  36.79 
 
 		 458 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2027 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4366  glutamine synthetase, catalytic region  37.96 
 
 		 471 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4278  glutamine synthetase, catalytic region  37.09 
 
 		 448 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  0.233785 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3721  glutamine synthetase catalytic region  36.56 
 
 		 448 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.504584  normal  0.0215831 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1125  L-glutamine synthetase  36.09 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441387  normal  0.264596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2226  glutamine synthetase family protein  35.14 
 
 		 456 aa  252  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3944  glutamate--putrescine ligase  36.05 
 
 		 466 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0280  glutamate--putrescine ligase  36.51 
 
 		 452 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0777  glutamine synthetase  41.73 
 
 		 456 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5243  glutamate--putrescine ligase  36.05 
 
 		 452 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.689829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1297  glutamate--putrescine ligase  35.23 
 
 		 463 aa  249  7e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.770979  normal  0.671991 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1836  L-glutamine synthetase  36.51 
 
 		 439 aa  249  8e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.406794 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2380  Glutamate--putrescine ligase  36.51 
 
 		 456 aa  249  8e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0068155  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2031  glutamate--ammonia ligase  36.03 
 
 		 451 aa  249  9e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5183  glutamine synthetase, putative  35.83 
 
 		 452 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5090  glutamate--putrescine ligase  35.83 
 
 		 452 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0377  L-glutamine synthetase  36.03 
 
 		 451 aa  249  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4867  glutamate--ammonia ligase  36.28 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0918007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5309  glutamine synthetase  36.28 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1107  glutamate--putrescine ligase  35.19 
 
 		 445 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0907011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0864  glutamate--putrescine ligase  35.8 
 
 		 451 aa  246  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0397  Glutamate--putrescine ligase  33.33 
 
 		 478 aa  246  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  0.0167683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5407  L-glutamine synthetase  36.28 
 
 		 452 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000279947 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5473  L-glutamine synthetase  34.74 
 
 		 445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1130  glutamate--putrescine ligase  34.22 
 
 		 449 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2181  glutamate--putrescine ligase  34.97 
 
 		 445 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113907  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>