More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5183 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2566  glutamate--putrescine ligase  82.74 
 
 		 452 aa  797    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3148  glutamine synthetase, putative  82.74 
 
 		 452 aa  797    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1130  glutamate--putrescine ligase  72.61 
 
 		 449 aa  694    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5183  glutamine synthetase, putative  100 
 
 		 452 aa  939    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5243  glutamate--putrescine ligase  99.78 
 
 		 452 aa  937    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.689829  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1268  glutamine synthetase  72.73 
 
 		 451 aa  707    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5309  glutamine synthetase  92.04 
 
 		 452 aa  882    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0280  glutamate--putrescine ligase  97.57 
 
 		 452 aa  918    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1165  glutamate--putrescine ligase  72.06 
 
 		 451 aa  706    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4867  glutamate--ammonia ligase  92.04 
 
 		 452 aa  882    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0918007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1198  glutamate--putrescine ligase  72.06 
 
 		 451 aa  706    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000128825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1060  glutamate--putrescine ligase  72.16 
 
 		 449 aa  696    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0974728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2828  L-glutamine synthetase  80.31 
 
 		 468 aa  754    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5407  L-glutamine synthetase  92.26 
 
 		 452 aa  882    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000279947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2707  glutamate--putrescine ligase  82.52 
 
 		 452 aa  796    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210959  normal  0.606055 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48860  putative glutamine synthetase  82.26 
 
 		 453 aa  787    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467779  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0972  glutamate--ammonia ligase  73.72 
 
 		 449 aa  697    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00809428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0342  L-glutamine synthetase  86.73 
 
 		 452 aa  826    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3032  glutamate--ammonia ligase  70.51 
 
 		 451 aa  695    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1107  glutamate--ammonia ligase  72.06 
 
 		 451 aa  706    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000899819  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0389  glutamine synthetase  87.61 
 
 		 452 aa  839    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2919  L-glutamine synthetase  73.61 
 
 		 451 aa  713    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000934315  normal  0.778941 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3001  L-glutamine synthetase  73.39 
 
 		 451 aa  712    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000079724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3011  glutamate--ammonia ligase  70.95 
 
 		 451 aa  707    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.858612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03880  glutamine synthetase  87.83 
 
 		 452 aa  840    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2897  glutamate--putrescine ligase  82.08 
 
 		 452 aa  793    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1093  glutamate--ammonia ligase  72.51 
 
 		 451 aa  707    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.440027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3193  Glutamate--putrescine ligase  72.06 
 
 		 451 aa  706    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0866318  normal  0.0139402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5090  glutamate--putrescine ligase  99.78 
 
 		 452 aa  937    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0945  glutamate--putrescine ligase  73.5 
 
 		 449 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3098  L-glutamine synthetase  73.61 
 
 		 451 aa  713    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000533566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2644  glutamate--ammonia ligase  71.84 
 
 		 451 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.274474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0538  glutamate--putrescine ligase  58.71 
 
 		 446 aa  556  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1107  glutamate--putrescine ligase  56.5 
 
 		 445 aa  552  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0907011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4666  Glutamate--putrescine ligase  55.58 
 
 		 444 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2788  glutamine synthetase family protein  56.12 
 
 		 490 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289948  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5473  L-glutamine synthetase  56.28 
 
 		 445 aa  549  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2079  L-glutamine synthetase  57.4 
 
 		 454 aa  549  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1828  glutamine synthetase family protein  56.12 
 
 		 456 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2711  glutamine synthetase catalytic domain  56.25 
 
 		 444 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0942  L-glutamine synthetase  55.58 
 
 		 444 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110461  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5914  glutamate--ammonia ligase  56.28 
 
 		 445 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2201  glutamate--ammonia ligase  56.5 
 
 		 445 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2181  glutamate--putrescine ligase  56.28 
 
 		 445 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2163  glutamate--ammonia ligase  56.28 
 
 		 445 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699868  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2654  glutamine synthetase  56.03 
 
 		 444 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2079  glutamate--putrescine ligase  56.05 
 
 		 445 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0114961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1669  glutamine synthetase family protein  55.8 
 
 		 444 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0656  glutamine synthetase family protein  55.68 
 
 		 456 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2903  glutamate--putrescine ligase  57.24 
 
 		 445 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2355  glutamine synthetase family protein  55.8 
 
 		 444 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1297  glutamate--putrescine ligase  56.51 
 
 		 463 aa  545  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.770979  normal  0.671991 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2930  glutamine synthetase family protein  55.8 
 
 		 444 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3013  glutamate--putrescine ligase  57.02 
 
 		 445 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.404896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2988  glutamate--putrescine ligase  56.76 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2022  glutamine synthetase family protein  55.8 
 
 		 444 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6343  L-glutamine synthetase  57.46 
 
 		 445 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1946  glutamine synthetase family protein  55.8 
 
 		 444 aa  544  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0912905  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0636  glutamine synthetase catalytic domain  55.8 
 
 		 444 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.961715  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2380  glutamate--ammonia ligase  57.02 
 
 		 445 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0728  glutamine synthetase catalytic domain  55.58 
 
 		 444 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3041  glutamate--ammonia ligase  57.24 
 
 		 445 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2994  glutamate--ammonia ligase  57.02 
 
 		 445 aa  541  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1192  L-glutamine synthetase  55.8 
 
 		 455 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3572  glutamate--putrescine ligase  54.24 
 
 		 444 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.701465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2380  Glutamate--putrescine ligase  57.11 
 
 		 456 aa  536  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0068155  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00463  glutamine synthetase  56.5 
 
 		 461 aa  532  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625789  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1939  glutamate--putrescine ligase  54.65 
 
 		 467 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0199472  normal  0.0178394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1901  L-glutamine synthetase  54.12 
 
 		 454 aa  529  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.643842  normal  0.247036 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0350  glutamate--ammonia ligase  54.57 
 
 		 455 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0380504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0825  glutamate--ammonia ligase  54.57 
 
 		 456 aa  527  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.951182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6419  glutamate--putrescine ligase  55.48 
 
 		 444 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1739  glutamate--putrescine ligase  54.79 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000378796 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1340  Glutamate--putrescine ligase  54.69 
 
 		 464 aa  523  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5549  glutamate--ammonia ligase  55.26 
 
 		 444 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5914  glutamate--ammonia ligase  55.26 
 
 		 444 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2006  Glutamate--putrescine ligase  53.66 
 
 		 449 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.349477  normal  0.804087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2864  glutamate--ammonia ligase  53.44 
 
 		 459 aa  513  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.317185  normal  0.149371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3517  glutamate--putrescine ligase  54.91 
 
 		 445 aa  514  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164982 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3944  glutamate--putrescine ligase  52.44 
 
 		 466 aa  497  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0397  Glutamate--putrescine ligase  52.12 
 
 		 478 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  0.0167683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1252  L-glutamine synthetase  52.88 
 
 		 450 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3936  glutamate--putrescine ligase  52.12 
 
 		 476 aa  488  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0302  glutamate--putrescine ligase  51.12 
 
 		 478 aa  487  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.805247  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0768  glutamine synthetase family protein  51.22 
 
 		 476 aa  479  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.150739  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0715  glutamine synthetase family protein  51 
 
 		 476 aa  478  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0800  glutamine synthetase  50.9 
 
 		 478 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.44189  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1121  glutamate--ammonia ligase  49.67 
 
 		 448 aa  474  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0365  Glutamate--putrescine ligase  51 
 
 		 478 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0812253 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0295  putative glutamine synthetase  50.67 
 
 		 475 aa  461  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0161  L-glutamine synthetase  50.68 
 
 		 475 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.636195  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1397  glutamate--ammonia ligase  48.76 
 
 		 452 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1125  L-glutamine synthetase  49.21 
 
 		 453 aa  452  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441387  normal  0.264596 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1838  L-glutamine synthetase  48.32 
 
 		 455 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0277584  normal  0.270137 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0377  L-glutamine synthetase  47.37 
 
 		 451 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2031  glutamate--ammonia ligase  47.37 
 
 		 451 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0864  glutamate--putrescine ligase  47.37 
 
 		 451 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2226  glutamine synthetase family protein  46.61 
 
 		 456 aa  430  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2188  glutamate--putrescine ligase  44.87 
 
 		 447 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000050762  unclonable  0.00000655518 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2233  glutamate--ammonia ligase  45.35 
 
 		 444 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>