More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4054 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4547  glutamine synthetase, putative  98.9 
 
 		 454 aa  919    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6323  glutamine synthetase  73.85 
 
 		 455 aa  686    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2143  L-glutamine synthetase  82.82 
 
 		 454 aa  760    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4525  L-glutamine synthetase  72.09 
 
 		 455 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4054  glutamine synthetase catalytic region  100 
 
 		 454 aa  932    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1342  glutamate--putrescine ligase  98.68 
 
 		 459 aa  922    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738876  normal  0.165008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3842  glutamate--putrescine ligase  96.92 
 
 		 454 aa  892    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3764  hypothetical protein  85.02 
 
 		 454 aa  771    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4366  glutamine synthetase, catalytic region  84.29 
 
 		 471 aa  762    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44240  putative glutamine synthetase  85.02 
 
 		 454 aa  771    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72850  putative glutamine synthetase  74.29 
 
 		 455 aa  691    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1174  glutamate--ammonia ligase  66.81 
 
 		 455 aa  627  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1118  glutamate--ammonia ligase  49.01 
 
 		 463 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.770456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3952  glutamine synthetase catalytic region  50.77 
 
 		 459 aa  440  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2717  glutamine synthetase catalytic region  46.93 
 
 		 455 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648356 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0219  glutamine synthetase, catalytic region  46.8 
 
 		 464 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1568  L-glutamine synthetase  46.36 
 
 		 468 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.719328  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3049  glutamine synthetase, catalytic region  46.44 
 
 		 464 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.486199  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5184  glutamine synthetase, putative  43.43 
 
 		 458 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.92577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0387  glutamine synthetase  43.18 
 
 		 458 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5244  glutamate--putrescine ligase  43.43 
 
 		 458 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03860  putative glutamine synthetase  42.95 
 
 		 458 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2122  L-glutamine synthetase  43.21 
 
 		 458 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0668807  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3247  glutamine synthetase  42.51 
 
 		 458 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0174  glutamate--putrescine ligase  43.92 
 
 		 460 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293825 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5091  glutamate--putrescine ligase  42.98 
 
 		 458 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0279  glutamate--putrescine ligase  42.98 
 
 		 458 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5310  glutamine synthetase  42.32 
 
 		 458 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4868  glutamate--ammonia ligase  42.32 
 
 		 458 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38140  putative glutamine synthetase  42.06 
 
 		 458 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0019966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5299  glutamine synthetase, putative  42.63 
 
 		 460 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.238566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5347  glutamate--putrescine ligase  42.63 
 
 		 460 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5408  L-glutamine synthetase  42.09 
 
 		 458 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.532857  hitchhiker  0.00182517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5208  glutamate--putrescine ligase  42.63 
 
 		 460 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.179896  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0341  L-glutamine synthetase  41.56 
 
 		 459 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0727612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0887  glutamine synthetase catalytic region  43.3 
 
 		 459 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48880  glutamine synthetase  41.43 
 
 		 458 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3524  glutamate--putrescine ligase  42.07 
 
 		 444 aa  352  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.435958  normal  0.190458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4677  glutamine synthetase family protein  40.31 
 
 		 456 aa  348  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1181  L-glutamine synthetase  42.53 
 
 		 451 aa  346  5e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00464  gamma-glutamylputrescine synthetase  45.16 
 
 		 459 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.446878  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0955  glutamine synthetase catalytic region  39.14 
 
 		 461 aa  332  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0546  glutamine synthetase, catalytic region  40.32 
 
 		 453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2336  glutamine synthetase catalytic region  40.05 
 
 		 466 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3702  glutamate--ammonia ligase  38.44 
 
 		 443 aa  302  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2416  glutamine synthetase catalytic region  37.7 
 
 		 455 aa  296  5e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175652 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3216  glutamine synthetase catalytic region  38.31 
 
 		 472 aa  293  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0110604 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2068  glutamate--putrescine ligase  37.78 
 
 		 472 aa  286  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0866  glutamate--putrescine ligase  36.99 
 
 		 445 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2349  glutamine synthetase catalytic region  37.31 
 
 		 472 aa  281  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1939  glutamate--putrescine ligase  37.31 
 
 		 472 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.23252 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2328  glutamine synthetase catalytic region  37.31 
 
 		 472 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1825  glutamate--putrescine ligase  37.31 
 
 		 472 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0546478 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1506  glutamate--putrescine ligase  37.31 
 
 		 472 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0375  L-glutamine synthetase  36.53 
 
 		 445 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0777  glutamine synthetase  37.17 
 
 		 456 aa  281  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2019  glutamate--ammonia ligase  36.53 
 
 		 445 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01274  gamma-Glu-putrescine synthase  37.31 
 
 		 472 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.798701  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01285  hypothetical protein  37.31 
 
 		 472 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.904201  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1412  glutamate--putrescine ligase  37.31 
 
 		 472 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1127  L-glutamine synthetase  37.5 
 
 		 479 aa  279  8e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.278504  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1533  glutamate--putrescine ligase  37.09 
 
 		 472 aa  278  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1836  L-glutamine synthetase  37.94 
 
 		 439 aa  276  6e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.406794 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2380  Glutamate--putrescine ligase  36.51 
 
 		 456 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0068155  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5183  glutamine synthetase, putative  34.97 
 
 		 452 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5243  glutamate--putrescine ligase  34.97 
 
 		 452 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.689829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5090  glutamate--putrescine ligase  34.97 
 
 		 452 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5309  glutamine synthetase  35.19 
 
 		 452 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4867  glutamate--ammonia ligase  35.19 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0918007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0342  L-glutamine synthetase  36.36 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1406  glutamine synthetase  35.86 
 
 		 451 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03880  glutamine synthetase  34.74 
 
 		 452 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0389  glutamine synthetase  34.74 
 
 		 452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2566  glutamate--putrescine ligase  35.21 
 
 		 452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5407  L-glutamine synthetase  35.19 
 
 		 452 aa  266  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000279947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1192  L-glutamine synthetase  36.19 
 
 		 455 aa  265  8.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3148  glutamine synthetase, putative  34.99 
 
 		 452 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48860  putative glutamine synthetase  35 
 
 		 453 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1297  glutamate--putrescine ligase  35.83 
 
 		 463 aa  263  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.770979  normal  0.671991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0280  glutamate--putrescine ligase  34.3 
 
 		 452 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2707  glutamate--putrescine ligase  34.76 
 
 		 452 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.210959  normal  0.606055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2897  glutamate--putrescine ligase  33.92 
 
 		 452 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1107  glutamate--putrescine ligase  35.79 
 
 		 445 aa  260  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0907011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0951  glutamine synthetase catalytic region  36.7 
 
 		 450 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5473  L-glutamine synthetase  35.78 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2181  glutamate--putrescine ligase  36.01 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5914  glutamate--ammonia ligase  36.01 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2163  glutamate--ammonia ligase  36.01 
 
 		 445 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699868  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1100  Glutamate--putrescine ligase  36.24 
 
 		 458 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2027 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2079  glutamate--putrescine ligase  35.55 
 
 		 445 aa  254  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0114961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2201  glutamate--ammonia ligase  35.55 
 
 		 445 aa  254  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4666  Glutamate--putrescine ligase  36.63 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0538  glutamate--putrescine ligase  36.21 
 
 		 446 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2828  L-glutamine synthetase  33.7 
 
 		 468 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0942  L-glutamine synthetase  36.04 
 
 		 444 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110461  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2711  glutamine synthetase catalytic domain  35.09 
 
 		 444 aa  253  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1828  glutamine synthetase family protein  35.51 
 
 		 456 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2788  glutamine synthetase family protein  35.09 
 
 		 490 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2654  glutamine synthetase  35.28 
 
 		 444 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1946  glutamine synthetase family protein  36.36 
 
 		 444 aa  251  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0912905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>