More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2731 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 441 aa  871    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2929  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.07 
 
 		 419 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.301495 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1401  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50 
 
 		 398 aa  335  9e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.14892  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.67 
 
 		 444 aa  333  5e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1849  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.36 
 
 		 433 aa  332  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.922054 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.75 
 
 		 449 aa  328  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  43.79 
 
 		 427 aa  327  3e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  43.79 
 
 		 427 aa  327  3e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.9 
 
 		 420 aa  324  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  42.01 
 
 		 427 aa  323  5e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.54 
 
 		 443 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.69 
 
 		 410 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.28 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.93 
 
 		 441 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.69 
 
 		 422 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.59 
 
 		 423 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  44.24 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.86 
 
 		 408 aa  309  5.9999999999999995e-83  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.72 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.75 
 
 		 420 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.86 
 
 		 424 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.71 
 
 		 420 aa  307  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.76 
 
 		 416 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3405  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.24 
 
 		 435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.24 
 
 		 410 aa  306  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.95 
 
 		 421 aa  306  6e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4070  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.68 
 
 		 424 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  42.76 
 
 		 425 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.77 
 
 		 410 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2594  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.76 
 
 		 425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.858187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.87 
 
 		 434 aa  302  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5336  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.6 
 
 		 408 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3655  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.69 
 
 		 423 aa  300  4e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0378988  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0184  MiaB-like tRNA modifying enzyme  46.35 
 
 		 412 aa  300  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.42 
 
 		 426 aa  299  6e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  35.28 
 
 		 411 aa  295  8e-79  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.09 
 
 		 425 aa  295  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.12 
 
 		 423 aa  295  9e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.2 
 
 		 424 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.852601 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  35.36 
 
 		 412 aa  291  2e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4197  hypothetical protein  43.46 
 
 		 424 aa  290  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.99 
 
 		 437 aa  290  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.92 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.14 
 
 		 419 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  37.14 
 
 		 429 aa  275  1.0000000000000001e-72  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.6 
 
 		 435 aa  231  3e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  30.24 
 
 		 441 aa  226  7e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  30.77 
 
 		 458 aa  224  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.09 
 
 		 467 aa  224  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.03 
 
 		 439 aa  223  7e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.11 
 
 		 429 aa  222  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.29 
 
 		 438 aa  219  7.999999999999999e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.66 
 
 		 429 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.07 
 
 		 450 aa  216  5.9999999999999996e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.81 
 
 		 449 aa  215  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.37 
 
 		 425 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  37.29 
 
 		 437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  37.24 
 
 		 436 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.93 
 
 		 444 aa  212  9e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  34.69 
 
 		 431 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  29.61 
 
 		 438 aa  211  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.84 
 
 		 431 aa  209  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.44 
 
 		 441 aa  209  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.9 
 
 		 432 aa  209  8e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.13 
 
 		 411 aa  209  1e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.43 
 
 		 450 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.6 
 
 		 444 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.34 
 
 		 442 aa  207  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.71 
 
 		 434 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.44 
 
 		 430 aa  203  6e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.53 
 
 		 429 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  31.14 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  31.14 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  31.57 
 
 		 435 aa  201  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  32.59 
 
 		 436 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.83 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  32.64 
 
 		 439 aa  197  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  28 
 
 		 431 aa  197  3e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  32.03 
 
 		 451 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  34.74 
 
 		 439 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.56 
 
 		 495 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  29.63 
 
 		 448 aa  195  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  32.48 
 
 		 452 aa  194  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.24 
 
 		 438 aa  193  5e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.88 
 
 		 434 aa  193  6e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  31.93 
 
 		 450 aa  192  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  28.7 
 
 		 446 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.83 
 
 		 451 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  30.28 
 
 		 450 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  33.42 
 
 		 470 aa  191  2e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  30.28 
 
 		 450 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  32.1 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  32.1 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  32.1 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  32.1 
 
 		 450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  32.1 
 
 		 450 aa  190  4e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  34.12 
 
 		 462 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  32.1 
 
 		 450 aa  190  4e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.31 
 
 		 438 aa  190  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.34 
 
 		 409 aa  190  5e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  0.00000000167703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>