263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2955 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.2 
 
 		 741 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.12 
 
 		 727 aa  654    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  100 
 
 		 721 aa  1431    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.66 
 
 		 728 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.5 
 
 		 701 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  50.34 
 
 		 720 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.45 
 
 		 687 aa  636    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.07 
 
 		 701 aa  636    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.21 
 
 		 760 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49 
 
 		 733 aa  633  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.62 
 
 		 697 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.48 
 
 		 697 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  49.31 
 
 		 685 aa  631  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.82 
 
 		 704 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  46.98 
 
 		 758 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.31 
 
 		 760 aa  612  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.91 
 
 		 764 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.21 
 
 		 724 aa  597  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50 
 
 		 726 aa  586  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  46.26 
 
 		 738 aa  582  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.21 
 
 		 739 aa  582  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.57 
 
 		 696 aa  580  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  48.34 
 
 		 723 aa  581  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.93 
 
 		 699 aa  571  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  46.26 
 
 		 738 aa  566  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 727 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  47.74 
 
 		 677 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.35 
 
 		 721 aa  558  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.74 
 
 		 704 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.54 
 
 		 737 aa  555  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.05 
 
 		 789 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 		 728 aa  551  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.92 
 
 		 740 aa  541  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.4 
 
 		 686 aa  536  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.62 
 
 		 764 aa  521  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.18 
 
 		 777 aa  518  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.18 
 
 		 777 aa  515  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.68 
 
 		 764 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.78 
 
 		 723 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.31 
 
 		 822 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50 
 
 		 821 aa  460  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  40.6 
 
 		 700 aa  461  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  40.08 
 
 		 691 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.78 
 
 		 687 aa  445  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.05 
 
 		 694 aa  445  1e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.84 
 
 		 687 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  40.85 
 
 		 693 aa  444  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.74 
 
 		 693 aa  437  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.57 
 
 		 687 aa  433  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.47 
 
 		 690 aa  432  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.52 
 
 		 688 aa  427  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.29 
 
 		 687 aa  428  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.75 
 
 		 693 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.19 
 
 		 697 aa  427  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.09 
 
 		 687 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.79 
 
 		 689 aa  420  1e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.59 
 
 		 686 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  36.68 
 
 		 695 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.93 
 
 		 692 aa  418  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.64 
 
 		 692 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.78 
 
 		 688 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.74 
 
 		 688 aa  409  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  38.51 
 
 		 696 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.85 
 
 		 690 aa  411  1e-113  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.55 
 
 		 688 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.43 
 
 		 705 aa  403  1e-111  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.6 
 
 		 688 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.09 
 
 		 685 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.95 
 
 		 698 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.6 
 
 		 694 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.01 
 
 		 688 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.15 
 
 		 684 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.84 
 
 		 696 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  36.28 
 
 		 688 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1306  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.08 
 
 		 701 aa  398  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.81 
 
 		 684 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.26 
 
 		 684 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.86 
 
 		 689 aa  393  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.01 
 
 		 684 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.95 
 
 		 696 aa  394  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.45 
 
 		 705 aa  392  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  36.83 
 
 		 690 aa  395  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.33 
 
 		 684 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.72 
 
 		 689 aa  391  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.12 
 
 		 688 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.46 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2650  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.81 
 
 		 701 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.72 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  35.59 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.63 
 
 		 692 aa  392  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.04 
 
 		 688 aa  391  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0004  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.41 
 
 		 701 aa  386  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.96 
 
 		 683 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2554  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.67 
 
 		 701 aa  389  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100286  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.12 
 
 		 689 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>