180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4721 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  100 
 
 		 327 aa  677    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  26.19 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  25.08 
 
 		 326 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  25.47 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  21.22 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5193  Tn7-like transposition protein C  26.2 
 
 		 467 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  26.05 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  25.86 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  21.68 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  23.83 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  24.18 
 
 		 289 aa  52.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  25.1 
 
 		 307 aa  52  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3048  TniB  25.61 
 
 		 303 aa  51.6  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  22.93 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4199  hypothetical protein  21.48 
 
 		 340 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1115  Tn7-like transposition protein C  22.79 
 
 		 551 aa  50.1  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  25.2 
 
 		 377 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  22.07 
 
 		 319 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  22.07 
 
 		 319 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  22.07 
 
 		 319 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  22.07 
 
 		 319 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0026  hypothetical protein  29.55 
 
 		 379 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5057  hypothetical protein  22.3 
 
 		 312 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.847367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1210  ATP-dependent chaperone ClpB  25.23 
 
 		 862 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.890836  normal  0.0751244 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  23.11 
 
 		 301 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0194  ATP-dependent chaperone protein ClpB  27.38 
 
 		 862 aa  47.8  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.68228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3151  hypothetical protein  21.75 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5217  hypothetical protein  21.75 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.213042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  23.11 
 
 		 301 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0310  ATPase  27.27 
 
 		 741 aa  47.8  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000412877  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1687  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  31.68 
 
 		 761 aa  47  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000140768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28270  ATP-dependent clp protease, ATP-binding subunit, ClipA  29.48 
 
 		 756 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  27.27 
 
 		 325 aa  46.6  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  26.9 
 
 		 879 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4235  hypothetical protein  24.87 
 
 		 292 aa  46.6  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.814526 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1335  ATP-dependent protease  25.23 
 
 		 862 aa  46.2  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.255547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  22.85 
 
 		 289 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  22.85 
 
 		 289 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0714  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  29.09 
 
 		 756 aa  46.2  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0176  Tn7-like transposition protein C  26.14 
 
 		 550 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1377  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1980  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  26.79 
 
 		 862 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.192819  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2389  ClpB heat-shock protein  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0376  hypothetical protein  20.89 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1541  ATPase with chaperone activity  26.29 
 
 		 869 aa  45.8  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2248  ATPase with chaperone activity  30 
 
 		 752 aa  45.8  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0365222  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2205  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489947  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  25.73 
 
 		 891 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  22.71 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1402  ATPase AAA-2 domain protein  26.92 
 
 		 819 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.515013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1867  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0030  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2223  ATPase AAA-2  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2261  clpB protein  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342384  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1138  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0597  ATPase  27.06 
 
 		 733 aa  45.8  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.139339  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4921  ATP-dependent chaperone ClpB  26.9 
 
 		 879 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289151  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0543  hypothetical protein  21.58 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1629  ATPase  28.14 
 
 		 826 aa  45.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  26.32 
 
 		 874 aa  44.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5148  AAA ATPase, ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.830586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0119  ClpB protein  26.74 
 
 		 854 aa  44.7  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2374  heat-shock protein, chaperone ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0849473  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2440  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  29.52 
 
 		 753 aa  45.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1959  ATPase AAA-2  26.79 
 
 		 862 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199054  normal  0.312929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1271  ATP-dependent chaperone ClpB  24.77 
 
 		 862 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.387931 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6232  ATPase AAA-2  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  26.8 
 
 		 837 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0938  ATP-dependent chaperone ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.651137 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1785  ATPase  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0283  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  24.38 
 
 		 838 aa  44.7  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.114568  hitchhiker  0.0000140649 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1847  ATPase  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3861  hypothetical protein  21.02 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0197504 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0603  ATPase AAA-2 domain protein  25.26 
 
 		 852 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0740742  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2393  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  28.32 
 
 		 756 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0793995 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1797  ATP-dependent chaperone ClpB  26.32 
 
 		 931 aa  44.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.287163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1757  ATP-dependent chaperone ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.786862  normal  0.0714253 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1039  ATPase  26.32 
 
 		 873 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.924654  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1871  ATP-dependent chaperone ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914514  hitchhiker  0.00068735 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1004  protein disaggregation chaperone  26.79 
 
 		 857 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00329839  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2848  protein disaggregation chaperone  27.38 
 
 		 857 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000767597  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1426  ATP-dependent chaperone ClpB  26.79 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.814742  hitchhiker  0.00462707 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5224  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000555448  unclonable  1.16962e-24 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3141  protein disaggregation chaperone  26.79 
 
 		 857 aa  43.9  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0416591  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2893  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  25.53 
 
 		 752 aa  44.3  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243506  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  23.75 
 
 		 296 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3949  Tn7-like transposition protein C  21.5 
 
 		 565 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1661  ATPase  26.02 
 
 		 863 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0102  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0845535  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2309  ATP-dependent chaperone ClpB  25.15 
 
 		 872 aa  44.3  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5461  TniB family protein  24.08 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.93146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0076  ATPase  28.18 
 
 		 811 aa  44.3  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0886  protein disaggregation chaperone  26.79 
 
 		 857 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000176912  normal  0.0332416 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2308  ATPase  27.49 
 
 		 848 aa  44.3  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0112773 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1138  protein disaggregation chaperone  26.79 
 
 		 858 aa  44.3  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0178094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>