81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1552 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1552  Asp/Glu/hydantoin racemase  100 
 
 		 250 aa  516  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00579321  normal  0.227664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1881  Asp/Glu/hydantoin racemase  99.2 
 
 		 250 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.650539  normal  0.394704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  65.46 
 
 		 253 aa  331  7.000000000000001e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1822  maleate cis-trans isomerase protein  64.66 
 
 		 252 aa  329  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.119562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2309  Asp/Glu racemase  64.26 
 
 		 250 aa  328  7e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.723097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  64.92 
 
 		 252 aa  322  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4205  Asp/Glu racemase  64.66 
 
 		 252 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  64.11 
 
 		 261 aa  316  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 		 262 aa  309  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2514  Asp/Glu racemase  61.04 
 
 		 250 aa  308  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.394743  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3786  Asp/Glu racemase  60.64 
 
 		 250 aa  305  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2142  Asp/Glu/hydantoin racemase  60.64 
 
 		 250 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  59.04 
 
 		 279 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3577  Asp/Glu/hydantoin racemase  60.24 
 
 		 250 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3942  maleate cis-trans isomerase  60.32 
 
 		 250 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783757  normal  0.0790951 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1895  Asp/Glu racemase  60.32 
 
 		 250 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.929718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1385  Asp/Glu racemase  59.84 
 
 		 264 aa  301  9e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 		 250 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3099  Asp/Glu racemase  57.83 
 
 		 253 aa  296  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0214  putative cis-trans isomerase  60.4 
 
 		 251 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.018775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4325  Asp/Glu racemase  59.84 
 
 		 250 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4548  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 		 250 aa  292  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383946  normal  0.990165 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4041  Asp/Glu racemase  59.84 
 
 		 250 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3484  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 		 250 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.883286  hitchhiker  0.00122572 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  57.66 
 
 		 282 aa  290  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0831  Asp/Glu racemase  60.67 
 
 		 251 aa  287  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3672  maleate cis-trans isomerase  57.32 
 
 		 254 aa  281  6.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5483  Asp/Glu racemase  56.05 
 
 		 252 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4901  Asp/Glu racemase  54.03 
 
 		 260 aa  269  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3781  Asp/Glu racemase  49.6 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  33.05 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.81 
 
 		 242 aa  122  6e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.56 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.6 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  26.64 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  23.55 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2031  Asp/Glu racemase  22.18 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329211  normal  0.0464221 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  28.98 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  24.41 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.42 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  26.42 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.09 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  22.18 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  26.02 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1912  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.82 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  24.8 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  24.56 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.52 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  20.56 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  22.63 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  26.77 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  28.9 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7135  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.75 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.997188 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2711  Asp/Glu racemase  25.96 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.36 
 
 		 268 aa  58.5  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  25.42 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6615  Asp/Glu racemase  24.31 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  27.75 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  25.15 
 
 		 249 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.49 
 
 		 250 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  24.9 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.41 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4991  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.93 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.56 
 
 		 259 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  23.53 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0462  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.21 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680828  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.38 
 
 		 266 aa  53.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1038  Asp/Glu racemase  21.86 
 
 		 256 aa  52.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.800252  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  21.31 
 
 		 254 aa  52.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0733  putative Asp/Glu racemase  24.22 
 
 		 241 aa  52  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.894763 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  22.46 
 
 		 241 aa  52  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6543  hypothetical protein  22.08 
 
 		 242 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  25.6 
 
 		 246 aa  50.1  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.65 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.65 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.58 
 
 		 259 aa  49.3  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4076  Asp/Glu racemase  21.77 
 
 		 276 aa  48.9  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.722291  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  23.66 
 
 		 241 aa  43.5  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1246  Asp/Glu/hydantoin racemase  20.76 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  22.92 
 
 		 254 aa  43.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4086  Maleate cis-trans isomerase-like protein  24.71 
 
 		 252 aa  42.7  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>