114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0027 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0038  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.03097 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0016  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0036  tRNA-Leu  85 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305194  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00137564  hitchhiker  0.00000072706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0006  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000531495  normal  0.328026 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312452 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0054  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.292652 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0016  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.23668 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.819942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000252903  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0020  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117664  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0008  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.256754  normal  0.357381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0043  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000643115  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0048  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000131819 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>