More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1987 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  100 
 
 		 159 aa  330  4e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  63.64 
 
 		 153 aa  201  4e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1172  RNase HI  61.7 
 
 		 152 aa  198  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000482938  hitchhiker  0.000107341 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  58.5 
 
 		 155 aa  198  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  60.84 
 
 		 146 aa  197  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  65.41 
 
 		 152 aa  194  6e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  59.15 
 
 		 146 aa  190  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  57.75 
 
 		 146 aa  190  6e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  60.42 
 
 		 145 aa  190  6e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  57.04 
 
 		 146 aa  185  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  54.11 
 
 		 147 aa  184  6e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  57.75 
 
 		 146 aa  180  6e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  52.82 
 
 		 145 aa  179  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  58.17 
 
 		 162 aa  177  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  55.63 
 
 		 146 aa  172  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  59.29 
 
 		 151 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  57.25 
 
 		 163 aa  170  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  58.7 
 
 		 153 aa  169  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  54.05 
 
 		 155 aa  168  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  60 
 
 		 154 aa  168  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  58.57 
 
 		 154 aa  167  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  58.57 
 
 		 154 aa  167  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1837  ribonuclease H  56.64 
 
 		 153 aa  167  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000470607  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  57.14 
 
 		 145 aa  167  7e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  55.78 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  57.72 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  55.4 
 
 		 143 aa  166  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  53.38 
 
 		 156 aa  165  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  54.05 
 
 		 170 aa  164  5e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  53.33 
 
 		 154 aa  163  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  56.94 
 
 		 151 aa  163  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  55.1 
 
 		 151 aa  163  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  55 
 
 		 153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  54.48 
 
 		 161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  53.79 
 
 		 150 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  54.48 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  55.07 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  54.68 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  55.86 
 
 		 149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  59.09 
 
 		 146 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  54 
 
 		 156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  59.09 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  56.16 
 
 		 154 aa  160  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  55.63 
 
 		 160 aa  159  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  54.29 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  58.33 
 
 		 148 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  55.86 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  55.97 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  55.71 
 
 		 159 aa  158  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  53.79 
 
 		 153 aa  158  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  55.86 
 
 		 152 aa  158  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  55.97 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  55.97 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  54.48 
 
 		 143 aa  157  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  56.62 
 
 		 148 aa  157  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  56.62 
 
 		 148 aa  157  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  53.47 
 
 		 159 aa  157  6e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  54.25 
 
 		 154 aa  157  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  52.05 
 
 		 146 aa  157  8e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  55.97 
 
 		 157 aa  157  8e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  56.62 
 
 		 151 aa  156  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  56.72 
 
 		 170 aa  156  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  56.82 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  55.15 
 
 		 145 aa  155  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  52.82 
 
 		 150 aa  156  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  56.82 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  50.36 
 
 		 269 aa  155  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  55.22 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  56.82 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  52.86 
 
 		 241 aa  155  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  53.69 
 
 		 164 aa  155  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  50 
 
 		 159 aa  155  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  53.1 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  53.73 
 
 		 143 aa  154  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0761  ribonuclease H  53.9 
 
 		 146 aa  154  4e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  53.96 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  54.35 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  53.96 
 
 		 148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  48.39 
 
 		 156 aa  154  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  51.75 
 
 		 158 aa  152  1e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  54.81 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  53.73 
 
 		 148 aa  152  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  54.74 
 
 		 160 aa  153  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  49.66 
 
 		 163 aa  152  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  49.66 
 
 		 163 aa  152  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  51.68 
 
 		 161 aa  152  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  51.7 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  55.3 
 
 		 142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  52.45 
 
 		 161 aa  151  2.9999999999999998e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  56.06 
 
 		 141 aa  151  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  52.55 
 
 		 175 aa  152  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  50.71 
 
 		 154 aa  151  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  51.08 
 
 		 148 aa  150  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  54.23 
 
 		 159 aa  150  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>