More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2702 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2702  cold shock-like transcription regulator protein  100 
 
 
54 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  83.67 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.59 
 
 
126 aa  89  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  79.59 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  79.59 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  75.51 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.35 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.35 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.22 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.22 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
170 aa  62  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.18 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.22 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
71 aa  61.6  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  53.06 
 
 
68 aa  61.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.18 
 
 
77 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  59.18 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.06 
 
 
70 aa  60.1  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.42 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.42 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
70 aa  60.1  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.42 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.42 
 
 
67 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.1 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.18 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
94 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.78 
 
 
69 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.02 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  58.33 
 
 
67 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.1 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  55.1 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0586  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
67 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
67 aa  57  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  48.98 
 
 
67 aa  57  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  54.17 
 
 
67 aa  57  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
83 aa  57  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.57 
 
 
71 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.1 
 
 
68 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  48.98 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.02 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.57 
 
 
71 aa  55.5  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.94 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.94 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3333  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.1 
 
 
70 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.437112  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  53.06 
 
 
69 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.06 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.94 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.1 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.45 
 
 
68 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  55.1 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  53.06 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>