263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1221 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  67.24 
 
 		 701 aa  709    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  77.37 
 
 		 760 aa  1203    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  71.23 
 
 		 733 aa  733    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.8 
 
 		 777 aa  638    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.8 
 
 		 777 aa  636    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  67.59 
 
 		 724 aa  669    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  88.49 
 
 		 727 aa  920    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  87.23 
 
 		 760 aa  894    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  47.29 
 
 		 758 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.21 
 
 		 739 aa  669    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  88.24 
 
 		 728 aa  940    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  71.77 
 
 		 696 aa  701    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  71.14 
 
 		 699 aa  692    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.32 
 
 		 727 aa  636    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 822 aa  1649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  86.19 
 
 		 764 aa  875    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.33 
 
 		 701 aa  845    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  69.96 
 
 		 737 aa  658    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.1 
 
 		 789 aa  641    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  55.7 
 
 		 821 aa  844    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  70.97 
 
 		 704 aa  701    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  70.83 
 
 		 726 aa  706    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.02 
 
 		 741 aa  762    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.08 
 
 		 704 aa  642    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.09 
 
 		 721 aa  628  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.04 
 
 		 764 aa  619  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.34 
 
 		 764 aa  614  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.68 
 
 		 740 aa  588  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.27 
 
 		 687 aa  562  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  56.8 
 
 		 720 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.1 
 
 		 697 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.1 
 
 		 697 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  55.23 
 
 		 685 aa  542  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  53.07 
 
 		 738 aa  519  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.9 
 
 		 728 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  51.39 
 
 		 723 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  48.89 
 
 		 738 aa  468  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  47.69 
 
 		 721 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  50.4 
 
 		 677 aa  450  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  45.4 
 
 		 723 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.29 
 
 		 686 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.3 
 
 		 687 aa  374  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.47 
 
 		 686 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.45 
 
 		 692 aa  363  6e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.45 
 
 		 689 aa  363  1e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.49 
 
 		 688 aa  360  8e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.53 
 
 		 687 aa  359  9e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.62 
 
 		 692 aa  351  3e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.51 
 
 		 688 aa  350  6e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.31 
 
 		 687 aa  350  9e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.56 
 
 		 692 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.64 
 
 		 693 aa  346  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  40.86 
 
 		 691 aa  343  8e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  37.13 
 
 		 695 aa  342  2e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.48 
 
 		 705 aa  341  2.9999999999999998e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.16 
 
 		 689 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.88 
 
 		 684 aa  340  5e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  40.59 
 
 		 696 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.78 
 
 		 685 aa  340  9e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.41 
 
 		 689 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.85 
 
 		 689 aa  339  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.85 
 
 		 689 aa  339  9.999999999999999e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.85 
 
 		 689 aa  339  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.39 
 
 		 689 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.01 
 
 		 688 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.04 
 
 		 688 aa  338  2.9999999999999997e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.65 
 
 		 697 aa  338  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.16 
 
 		 692 aa  338  2.9999999999999997e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.4 
 
 		 697 aa  338  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.69 
 
 		 684 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.15 
 
 		 694 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.24 
 
 		 688 aa  337  5.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.41 
 
 		 689 aa  337  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.48 
 
 		 693 aa  336  7.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.43 
 
 		 689 aa  336  9e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.1 
 
 		 687 aa  336  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.22 
 
 		 689 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.41 
 
 		 689 aa  336  1e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.22 
 
 		 689 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.22 
 
 		 689 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.22 
 
 		 689 aa  335  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.64 
 
 		 690 aa  335  3e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  334  4e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.67 
 
 		 684 aa  334  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  9e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  9e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  9e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  9e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.6 
 
 		 699 aa  333  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.8 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.04 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.41 
 
 		 683 aa  331  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 		 689 aa  331  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.58 
 
 		 688 aa  331  4e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.88 
 
 		 684 aa  331  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.92 
 
 		 684 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.82 
 
 		 688 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.45 
 
 		 689 aa  330  6e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>