132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2824 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2824  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.200304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2973  negative transcriptional regulator  70.33 
 
 		 222 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.325157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2487  negative transcriptional regulator  71.29 
 
 		 222 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.234096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2769  FMN-binding negative transcriptional regulator  67.46 
 
 		 221 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3982  negative transcriptional regulator  60.65 
 
 		 216 aa  278  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3679  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.39 
 
 		 199 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.434689  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0320  negative transcriptional regulator  40.51 
 
 		 217 aa  121  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  104  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3032  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  28.08 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3265  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  28.08 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70003  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2953  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  28.08 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.636626  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  27.59 
 
 		 207 aa  98.6  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3283  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  27.59 
 
 		 207 aa  98.2  9e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.896796  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  27.59 
 
 		 207 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 205 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  27.09 
 
 		 207 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.34 
 
 		 214 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  32.38 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2838  negative transcriptional regulator  33.65 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0668939  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 205 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.24 
 
 		 205 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0220  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 204 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  27.67 
 
 		 206 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 200 aa  86.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.49 
 
 		 207 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 227 aa  85.1  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.16 
 
 		 209 aa  84.3  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1661  negative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  81.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  28.08 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  31.75 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0540  negative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05365  normal  0.138094 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.9 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  28.29 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.7 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  30.27 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  31.79 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.22 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  31.01 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  30.96 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  23.9 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  23.9 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.74 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  23.41 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.35 
 
 		 212 aa  72  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 212 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  30.15 
 
 		 253 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  28.5 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.88 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  25.71 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.62 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.88 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.71 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  24.39 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5889  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.75 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.49 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  25.94 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.98 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  27.55 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.7 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  31.75 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  23.3 
 
 		 199 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>