More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4044 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
261 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.31 
 
 
261 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.27 
 
 
261 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  82.49 
 
 
261 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.47 
 
 
268 aa  339  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.26 
 
 
300 aa  322  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  65.45 
 
 
300 aa  319  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  63.01 
 
 
291 aa  319  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.18 
 
 
312 aa  318  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.13 
 
 
262 aa  314  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.65 
 
 
298 aa  311  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.1 
 
 
265 aa  309  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.23 
 
 
265 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.28 
 
 
298 aa  297  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  64.8 
 
 
265 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  65.4 
 
 
264 aa  294  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.56 
 
 
264 aa  290  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  64.29 
 
 
298 aa  286  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
298 aa  285  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
362 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
362 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
362 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
366 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
347 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
410 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  62.7 
 
 
366 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  63.4 
 
 
243 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
265 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
294 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
304 aa  105  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.45 
 
 
280 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
262 aa  99.4  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
272 aa  99  7e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.95 
 
 
254 aa  95.5  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 
295 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
262 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
268 aa  92.4  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  27.2 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0300  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  28.86 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
280 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.6 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
283 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  34.55 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  33.33 
 
 
281 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154787  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  35.86 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  31.13 
 
 
260 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  34.03 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
262 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
587 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 
264 aa  85.5  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  31.54 
 
 
264 aa  85.1  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  34.84 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 
283 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  30.31 
 
 
288 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2242  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  27.85 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
263 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.68 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  28.79 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2950  ABC transporter  32.09 
 
 
283 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.507448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 
264 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  30 
 
 
293 aa  82  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  26.42 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2942  molybdate ABC transporter permease  31.34 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4467  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.98 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.380773  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.55 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
259 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.84 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  24.11 
 
 
263 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>