227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1259 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  100 
 
 		 266 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3857  cobalamin 5'-phosphate synthase  89.77 
 
 		 280 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1450  cobalamin 5'-phosphate synthase  67.92 
 
 		 265 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21274  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  45 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  44.66 
 
 		 258 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.87 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  47.62 
 
 		 252 aa  138  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.87 
 
 		 258 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  36.68 
 
 		 258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  36.78 
 
 		 258 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  38.82 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.34 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.59 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.89 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  37.65 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.8 
 
 		 261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.19 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.34 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.61 
 
 		 264 aa  119  6e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.86 
 
 		 276 aa  118  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.29 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  36.18 
 
 		 250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  34.63 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.89 
 
 		 254 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.02 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3363  cobalamin synthase  37.08 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  36.25 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2960  cobalamin synthase  36.73 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  36.73 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  36.73 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  36.73 
 
 		 262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  36 
 
 		 252 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  35 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  35 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  35 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  39.43 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  34.4 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  34.25 
 
 		 259 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.93 
 
 		 270 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.24 
 
 		 259 aa  105  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  32.05 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  33.2 
 
 		 261 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.84 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  34.92 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.82 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.92 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  47.14 
 
 		 275 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  32.82 
 
 		 256 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  34.29 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  34.15 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  34.15 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  40.74 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.15 
 
 		 247 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  34.15 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0657  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.5 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00645782  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  31.82 
 
 		 224 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.65 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  33.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  33.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  33.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  32.89 
 
 		 224 aa  99.8  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.06 
 
 		 257 aa  99.8  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  33.74 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0520  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.25 
 
 		 267 aa  98.6  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228325  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.87 
 
 		 251 aa  98.6  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.5 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.15 
 
 		 248 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  30 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  36.18 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  36.18 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  36.4 
 
 		 259 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1172  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.61 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.292457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  35.55 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  33.33 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  34.09 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  35.6 
 
 		 259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  37.2 
 
 		 258 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.33 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  31.45 
 
 		 248 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.5 
 
 		 269 aa  92.8  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.21 
 
 		 253 aa  92  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  30.94 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  48.28 
 
 		 275 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  48.28 
 
 		 275 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1410  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.59 
 
 		 261 aa  89.7  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.293484  normal  0.234368 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.44 
 
 		 250 aa  89  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.26 
 
 		 278 aa  88.6  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  33.74 
 
 		 247 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1230  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.85 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0846  cobalamin 5'-phosphate synthase  46.21 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.862603 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.45 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3812  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.41 
 
 		 251 aa  86.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.97667  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.85 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0787  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.01 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00056745  normal  0.0562894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>