More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0223 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 		 295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.941783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.83 
 
 		 295 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89 
 
 		 296 aa  507  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00528706  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7148  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  88.36 
 
 		 292 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.41 
 
 		 295 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.64 
 
 		 305 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2063  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75 
 
 		 297 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.903953  hitchhiker  0.00389411 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.1 
 
 		 308 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.5 
 
 		 311 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.270364 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.78 
 
 		 295 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00302437  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.38 
 
 		 306 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.731237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.53 
 
 		 311 aa  391  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.99 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.258326 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.18 
 
 		 311 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1279  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 		 311 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0802699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.33 
 
 		 296 aa  359  3e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.79 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.79 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.79 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.79 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.79 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.19 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.26 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.72 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.63 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.63 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.63 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.63 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.27 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  38.27 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.63 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  40 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  38.57 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  40.36 
 
 		 300 aa  191  8e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.91 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.21 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.68 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  46.61 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 		 300 aa  188  7e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.39 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.34 
 
 		 317 aa  189  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  38.54 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  36.8 
 
 		 284 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.07 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2959  ABC transporter related  42.45 
 
 		 599 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  43.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.26 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>