34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4754 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4754  transposase  100 
 
 		 199 aa  413  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1252  transposase  40.2 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0590866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1691  hypothetical protein  36.65 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.669152  normal  0.0131233 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1443  hypothetical protein  36.32 
 
 		 215 aa  131  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1795  hypothetical protein  36.98 
 
 		 225 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1767  hypothetical protein  37 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.834919  normal  0.487109 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3328  conserved hypothetical protein  37.19 
 
 		 208 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3513  transposase  39.9 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1718  hypothetical protein  36.32 
 
 		 206 aa  122  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001841  hypothetical protein  36.04 
 
 		 220 aa  121  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2954  hypothetical protein  35.38 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.399197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0924  CP4-57 prophage; hypothetical protein  32.5 
 
 		 207 aa  114  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2132  hypothetical protein  37.37 
 
 		 189 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1781  hypothetical protein  35.79 
 
 		 198 aa  111  8.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0242825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4884  hypothetical protein  35.9 
 
 		 189 aa  110  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1254  transposase  34.9 
 
 		 208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1077  hypothetical protein  36.55 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371297 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1393  hypothetical protein  34.67 
 
 		 203 aa  104  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1049  conserved hypothetical protein  31.55 
 
 		 208 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4793  hypothetical protein  33.04 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0762  hypothetical protein  32.21 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0768  hypothetical protein  33.5 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3395  hypothetical protein  32.16 
 
 		 243 aa  101  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3198  hypothetical protein  31.72 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4689  hypothetical protein  31.72 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0376  transposase  32.81 
 
 		 202 aa  88.6  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.581845  hitchhiker  0.0000248645 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2858  hypothetical protein  28.12 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.30287 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1404  hypothetical protein  36.62 
 
 		 72 aa  50.1  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0280  hypothetical protein  28 
 
 		 360 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000851803  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0390.1  hypothetical protein  25.56 
 
 		 161 aa  47  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2018  hypothetical protein  24.08 
 
 		 274 aa  47  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3782  hypothetical protein  23.5 
 
 		 272 aa  45.1  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.756711 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2576  hypothetical protein  30.56 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000123504  unclonable  0.0000129022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4260  hypothetical protein  25 
 
 		 239 aa  43.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>