19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4260 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4260  hypothetical protein  100 
 
 
239 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3782  hypothetical protein  71 
 
 
272 aa  345  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.756711 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2903  hypothetical protein  47.7 
 
 
311 aa  219  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2018  hypothetical protein  38.95 
 
 
274 aa  129  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1596  hypothetical protein  33.33 
 
 
151 aa  80.5  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0754953  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0390.1  hypothetical protein  31.08 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0244  hypothetical protein  32.39 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.486639  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0384  hypothetical protein  32.58 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2681  hypothetical protein  33.85 
 
 
194 aa  62.8  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0631191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2858  hypothetical protein  27.56 
 
 
187 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.30287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0280  hypothetical protein  31.2 
 
 
360 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000851803  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3439  hypothetical protein  34.78 
 
 
221 aa  55.1  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2576  hypothetical protein  35.05 
 
 
198 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000123504  unclonable  0.0000129022 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2917  hypothetical protein  33.7 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000650535  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3513  transposase  27.42 
 
 
222 aa  45.8  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2954  hypothetical protein  27.95 
 
 
225 aa  43.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.399197  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4754  transposase  25 
 
 
199 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570232  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001841  hypothetical protein  31.13 
 
 
220 aa  42  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1718  hypothetical protein  26.06 
 
 
206 aa  42  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>