158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4139 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5045  thiamine biosynthesis protein ThiI  77.89 
 
 		 484 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.675648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0360  thiamin biosynthesis protein ThiI  75.21 
 
 		 484 aa  781    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4816  thiamine biosynthesis protein ThiI  75.62 
 
 		 484 aa  784    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0346  thiamine biosynthesis protein ThiI  76.86 
 
 		 484 aa  796    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67580  thiamine biosynthesis protein ThiI  79.96 
 
 		 484 aa  801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45840  thiamine biosynthesis protein ThiI  83.26 
 
 		 484 aa  837    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4139  thiamine biosynthesis protein ThiI  100 
 
 		 484 aa  995    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4919  thiamine biosynthesis protein ThiI  77.89 
 
 		 484 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5851  thiamine biosynthesis protein ThiI  79.34 
 
 		 484 aa  798    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.105574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5097  thiamine biosynthesis protein ThiI  77.89 
 
 		 484 aa  789    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.813592 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0419  thiamine biosynthesis protein ThiI  78.51 
 
 		 484 aa  797    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.895602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0737  thiamine biosynthesis protein ThiI  54.02 
 
 		 483 aa  536  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0507  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.48 
 
 		 482 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.667098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0503  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.55 
 
 		 483 aa  512  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000447545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2986  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.03 
 
 		 484 aa  508  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.704653  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0485  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.86 
 
 		 482 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2799  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.38 
 
 		 484 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.92946  normal  0.155971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2227  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.24 
 
 		 484 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0860245  normal  0.512375 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2766  thiamine biosynthesis protein ThiI  50.93 
 
 		 485 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0464  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.86 
 
 		 482 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3108  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.37 
 
 		 483 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3070  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.37 
 
 		 483 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3250  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.37 
 
 		 483 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00371  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.07 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0527  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.65 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2726  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.38 
 
 		 484 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00293542  normal  0.227571 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2896  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.38 
 
 		 484 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0805298  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0495  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.07 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0455  thiamine biosynthesis protein ThiI  52.07 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00375  hypothetical protein  52.07 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0466  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.45 
 
 		 482 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3210  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.86 
 
 		 482 aa  502  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000778782 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0472  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.65 
 
 		 482 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3186  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  51.65 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.304423  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1531  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.17 
 
 		 484 aa  501  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2891  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.86 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3649  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.03 
 
 		 484 aa  498  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1033  thiamine biosynthesis protein ThiI  50.83 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0345  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.97 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0459  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.45 
 
 		 482 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3082  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.86 
 
 		 482 aa  496  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.884917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  50.41 
 
 		 484 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0890  thiamine biosynthesis protein ThiI  50.62 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.49206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1280  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.97 
 
 		 484 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3278  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.03 
 
 		 482 aa  498  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3324  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.79 
 
 		 484 aa  497  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.146842  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1094  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.17 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3473  thiamine biosynthesis protein ThiI  50 
 
 		 484 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256811  hitchhiker  0.000477485 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2998  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.14 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174595  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1362  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.14 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.412717  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1348  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.14 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1081  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.34 
 
 		 482 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012217 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1387  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.14 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2785  thiamine biosynthesis protein ThiI  47.93 
 
 		 484 aa  491  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22936  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0902  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.34 
 
 		 484 aa  479  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2566  thiamine biosynthesis protein ThiI  47.94 
 
 		 486 aa  478  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.813354  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01178  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.79 
 
 		 482 aa  464  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1493  thiamine biosynthesis protein ThiI  47.62 
 
 		 478 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0341854  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0938  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.45 
 
 		 482 aa  449  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0417  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.69 
 
 		 515 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000383743  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004253  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.61 
 
 		 465 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000609097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2118  thiamine biosynthesis protein ThiI  46.83 
 
 		 496 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0320  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.9 
 
 		 484 aa  263  6e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0596  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  36 
 
 		 500 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.461448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1380  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  36 
 
 		 493 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.698571 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2806  thiamine biosynthesis protein  34.94 
 
 		 502 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1308  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.71 
 
 		 371 aa  190  5e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0972  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.74 
 
 		 472 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.493614 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0014  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.15 
 
 		 416 aa  172  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.735237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1882  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.77 
 
 		 474 aa  168  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.379133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1666  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.5 
 
 		 385 aa  166  8e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.357019  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1402  thiamine biosynthesis protein ThiI  32 
 
 		 385 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2184  thiamine biosynthesis protein  31.65 
 
 		 369 aa  157  4e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.72421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.96 
 
 		 380 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1038  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.72 
 
 		 422 aa  155  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.16797  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.27 
 
 		 400 aa  153  8e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1042  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.05 
 
 		 473 aa  151  3e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000396769 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1671  thiamine biosynthesis protein  31.68 
 
 		 392 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2758  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.13 
 
 		 400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0785401  normal  0.423621 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  31.12 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.56 
 
 		 370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.389674 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0198  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.48 
 
 		 390 aa  146  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1312  thiamine biosynthesis protein ThiI  36.73 
 
 		 475 aa  147  6e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00281014  normal  0.313151 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0010  thiazole biosynthesis protein  28.8 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0479704  normal  0.171831 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3319  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.93 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0721  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.05 
 
 		 402 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3122  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.9 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4756  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.57 
 
 		 404 aa  143  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4784  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.3 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1206  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.79 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00578978  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4391  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.57 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2546  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.94 
 
 		 401 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.661322  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4478  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.3 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1279  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.87 
 
 		 407 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0186014  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4545  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.3 
 
 		 404 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4899  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.3 
 
 		 403 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4765  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.3 
 
 		 404 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4381  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.03 
 
 		 404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4782  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.03 
 
 		 404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2307  thiamine biosynthesis protein  32.66 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0561858  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>