39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1131 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1131  YceI family protein  100 
 
 		 208 aa  408  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4045  YceI  62.11 
 
 		 193 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.033044  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4350  YceI-like family protein  59.47 
 
 		 193 aa  222  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1295  YceI  63.95 
 
 		 196 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.018481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56420  hypothetical protein  60.11 
 
 		 190 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4910  hypothetical protein  59.36 
 
 		 190 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372677  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0930  YceI family protein  58.62 
 
 		 193 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4460  YceI family protein  58.62 
 
 		 193 aa  201  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0891  YceI family protein  58.72 
 
 		 193 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.13317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0994  YceI family protein  57.56 
 
 		 193 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000032385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1959  hypothetical protein  37.97 
 
 		 191 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.456513  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1651  YceI family protein  35.71 
 
 		 191 aa  129  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1704  YceI family protein  36.9 
 
 		 192 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.356687  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1183  YceI family protein  38.02 
 
 		 195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.123234  normal  0.710564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56510  hypothetical protein  40.59 
 
 		 196 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.844348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4915  hypothetical protein  39.34 
 
 		 195 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.524381  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2061  YceI family protein  36.32 
 
 		 191 aa  124  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1809  YceI family protein  33.51 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.712609  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1772  YceI family protein  33.51 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2223  YceI family protein  33.51 
 
 		 195 aa  122  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.128547  normal  0.077665 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1355  YceI  38.59 
 
 		 193 aa  121  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1628  YceI family protein  34.07 
 
 		 191 aa  121  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.390594  normal  0.0802652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2893  hypothetical protein  34.07 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1636  YceI family protein  34.07 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.431474  normal  0.0372178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1561  YceI family protein  34.07 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2513  YceI family protein  32.97 
 
 		 191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1765  YceI family protein  32.97 
 
 		 191 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03973  YceI family protein  35.64 
 
 		 194 aa  117  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000954749  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2605  YceI family protein  34.92 
 
 		 191 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.831698  normal  0.911496 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2476  YceI family protein  32.53 
 
 		 191 aa  111  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00617169  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2275  YceI  36.2 
 
 		 213 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000110231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0136  YceI  33.71 
 
 		 198 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1182  hypothetical protein  37.65 
 
 		 371 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.104267 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1183  peptide chain release factor 2  36.05 
 
 		 1042 aa  95.1  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.975079  normal  0.154806 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3983  YceI family protein  31.5 
 
 		 198 aa  93.2  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05610  hypothetical protein  24.48 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1031  hypothetical protein  29.91 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.608738  normal  0.0254223 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1935  YceI family protein  34 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  29.29 
 
 		 201 aa  41.6  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>