252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1183 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1183  peptide chain release factor 2  100 
 
 		 1042 aa  2144    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.975079  normal  0.154806 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1493  cellulose-binding domain-containing protein  32.49 
 
 		 1055 aa  295  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.498527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3317  Protein of unknown function DUF1592  33.13 
 
 		 811 aa  256  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0474144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0031  Protein of unknown function DUF1592  31.53 
 
 		 570 aa  224  4.9999999999999996e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2375  glucose/sorbosone dehydrogenases-like  31.41 
 
 		 2172 aa  202  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.842796  normal  0.181989 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5967  Protein of unknown function DUF1592  27.93 
 
 		 561 aa  171  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.755813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1569  helix-turn-helix, AraC type  24.96 
 
 		 1113 aa  167  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0129  Protein of unknown function DUF1592  26.68 
 
 		 667 aa  159  3e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.609629  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2485  Protein of unknown function DUF1588  30.21 
 
 		 778 aa  157  8e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.474006  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1561  YceI family protein  43.2 
 
 		 191 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1636  YceI family protein  43.2 
 
 		 191 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.431474  normal  0.0372178 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0287  Protein of unknown function DUF1592  26.77 
 
 		 919 aa  137  8e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1628  YceI family protein  42.6 
 
 		 191 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.390594  normal  0.0802652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2893  hypothetical protein  42.26 
 
 		 191 aa  134  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2513  YceI family protein  39.64 
 
 		 191 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1765  YceI family protein  39.64 
 
 		 191 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1772  YceI family protein  39.05 
 
 		 191 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1809  YceI family protein  39.05 
 
 		 191 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.712609  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1183  YceI family protein  40 
 
 		 195 aa  129  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.123234  normal  0.710564 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0931  Protein of unknown function DUF1592  26.01 
 
 		 868 aa  129  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.710988  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1704  YceI family protein  40.36 
 
 		 192 aa  126  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.356687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1651  YceI family protein  38.46 
 
 		 191 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2061  YceI family protein  37.57 
 
 		 191 aa  125  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56510  hypothetical protein  35.59 
 
 		 196 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.844348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4915  hypothetical protein  35.03 
 
 		 195 aa  119  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.524381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1959  hypothetical protein  38.6 
 
 		 191 aa  118  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.456513  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0568  Protein of unknown function DUF1592  25.96 
 
 		 818 aa  115  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2605  YceI family protein  35.12 
 
 		 191 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.831698  normal  0.911496 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2223  YceI family protein  34.52 
 
 		 195 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.128547  normal  0.077665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1295  YceI  38.82 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.018481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4910  hypothetical protein  37.8 
 
 		 190 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372677  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56420  hypothetical protein  37.2 
 
 		 190 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4460  YceI family protein  37.79 
 
 		 193 aa  109  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2476  YceI family protein  34.5 
 
 		 191 aa  109  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00617169  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0994  YceI family protein  38.24 
 
 		 193 aa  108  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000032385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0296  glycoside hydrolase family protein  50.96 
 
 		 846 aa  108  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2136  glycoside hydrolase family protein  49.57 
 
 		 1128 aa  107  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03973  YceI family protein  36.69 
 
 		 194 aa  105  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000954749  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0294  cellulose-binding family II protein  50.96 
 
 		 609 aa  104  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.558691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0891  YceI family protein  35.88 
 
 		 193 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.13317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1131  YceI family protein  36.05 
 
 		 208 aa  103  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2275  YceI  33.99 
 
 		 213 aa  102  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000110231  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0930  YceI family protein  35.47 
 
 		 193 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2372  cellulose-binding family II protein  45.53 
 
 		 842 aa  99.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0295  glycoside hydrolase family protein  46.36 
 
 		 854 aa  98.2  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.271703  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1355  YceI  33.72 
 
 		 193 aa  97.4  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0136  YceI  36.31 
 
 		 198 aa  97.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3146  glycoside hydrolase family 6  46.36 
 
 		 459 aa  95.9  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4350  YceI-like family protein  33.72 
 
 		 193 aa  94.7  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2820  glycoside hydrolase family protein  44.17 
 
 		 633 aa  94  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000391085  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1959  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  45.45 
 
 		 984 aa  93.2  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2912  1, 4-beta cellobiohydrolase  47.75 
 
 		 491 aa  93.2  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.426935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4045  YceI  32.94 
 
 		 193 aa  92.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.033044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1182  hypothetical protein  39.32 
 
 		 371 aa  92.4  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.104267 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2449  1, 4-beta cellobiohydrolase  45.71 
 
 		 590 aa  90.9  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3983  YceI family protein  32.35 
 
 		 198 aa  90.5  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.812523 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1612  cellulose-binding family II protein  44.66 
 
 		 925 aa  90.5  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3043  cellulose-binding family II  43.69 
 
 		 774 aa  89.7  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2646  glycoside hydrolase family protein  47.52 
 
 		 812 aa  90.1  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00270036  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0474  glycoside hydrolase family 11  42.11 
 
 		 494 aa  89.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0620  cellobiohydrolase  45.63 
 
 		 596 aa  89  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.250178  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3519  1, 4-beta cellobiohydrolase  47.12 
 
 		 588 aa  89  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0538  glycoside hydrolase family 6  43.93 
 
 		 446 aa  87.8  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.448554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2022  cellulose-binding family II  40.54 
 
 		 743 aa  87.8  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.12733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3241  Protein of unknown function DUF1588  24.42 
 
 		 866 aa  86.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.358389  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2913  1, 4-beta cellobiohydrolase  45.71 
 
 		 469 aa  85.9  0.000000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.489381  normal  0.473063 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1559  family 62 glycoside hydrolase  41.23 
 
 		 488 aa  83.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.622478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1868  cellulose-binding family II  39.66 
 
 		 744 aa  83.2  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1791  cellulose-binding family II  41.18 
 
 		 913 aa  82.4  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.381117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2728  Alpha-L-arabinofuranosidase B catalytic  42.99 
 
 		 499 aa  81.3  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0684443  normal  0.907122 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4288  cellulose-binding family II  41.82 
 
 		 420 aa  80.5  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.016596 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2139  family 10 glycoside hydrolase  50 
 
 		 474 aa  79.7  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4962  glycoside hydrolase family 10  42.72 
 
 		 778 aa  79.7  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.59486 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2830  family 6 glycoside hydrolase  46.59 
 
 		 456 aa  79.3  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.426426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6640  cellulose-binding family II  42.73 
 
 		 727 aa  78.2  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0877502 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6685  cellulose-binding family II  42.24 
 
 		 533 aa  77.4  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1830  glycoside hydrolase family 5  40 
 
 		 543 aa  77.4  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0923  cellulose-binding family II  39.62 
 
 		 746 aa  77.4  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3024  glycoside hydrolase family 62  42.73 
 
 		 829 aa  77  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2167  glycoside hydrolase family 48  34.59 
 
 		 974 aa  77  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185965  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2191  glycoside hydrolase family 6  37.4 
 
 		 605 aa  77  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3495  cellulose-binding family II  40.78 
 
 		 495 aa  76.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  47.62 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2792  cellulose-binding family II  40.38 
 
 		 681 aa  76.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4805  glycoside hydrolase family protein  43.69 
 
 		 628 aa  76.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5562  cellulose-binding family II  41.18 
 
 		 906 aa  75.9  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.655446 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0324  cellulose-binding family II protein  43.24 
 
 		 694 aa  75.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  36.79 
 
 		 486 aa  75.5  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2781  glycoside hydrolase family 5  37.14 
 
 		 681 aa  75.1  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.183868  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3603  cellulose-binding family II  50 
 
 		 460 aa  74.7  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.131796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05610  hypothetical protein  34.32 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  43.81 
 
 		 775 aa  74.3  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4957  cellulose-binding family II  38.83 
 
 		 688 aa  74.3  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0505986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2729  Alpha-L-arabinofuranosidase B catalytic  34.82 
 
 		 479 aa  73.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.400956  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2009  cellulose-binding family II protein  39.52 
 
 		 669 aa  73.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.872108  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3301  glycoside hydrolase family 62  36.46 
 
 		 485 aa  73.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111017  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1666  cellulose-binding family II protein  35.09 
 
 		 455 aa  73.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000449243  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3462  cellulose-binding family II protein  36.19 
 
 		 773 aa  73.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0281342  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2138  family 48 glycoside hydrolase  40.87 
 
 		 785 aa  72.8  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.497206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6682  cellulose-binding family II  42.45 
 
 		 935 aa  72.4  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.224663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>