144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3470 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3470  carbon storage regulator  100 
 
 		 75 aa  144  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.699111  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2278  carbon storage regulator  64 
 
 		 85 aa  68.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1058  carbon storage regulator  54 
 
 		 75 aa  62  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0669  carbon storage regulator, CsrA  47.69 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0307434 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  52 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  42.19 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1669  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  56 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  56 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  52 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1631  carbon storage regulator  40.28 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.635349  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0714  carbon storage regulator  50 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0062  carbon storage regulator  50 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  46.03 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2998  carbon storage regulator  36.92 
 
 		 66 aa  53.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  46 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1338  carbon storage regulator, CsrA  48.28 
 
 		 60 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  38.89 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  45.28 
 
 		 75 aa  51.2  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  46.81 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1296  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 62 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.760473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0604  carbon storage regulator, CsrA  42 
 
 		 86 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31000  carbon storage regulator CsrA  41.18 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0884  carbon storage regulator, CsrA  51.06 
 
 		 60 aa  50.4  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  46.43 
 
 		 103 aa  50.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2970  carbon storage regulator, CsrA  58.7 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2005  carbon storage regulator, CsrA  51.02 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.264193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  42.86 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  48.94 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 64 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0211  carbon storage regulator, CsrA  55.32 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.363506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  46 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  41.79 
 
 		 78 aa  48.9  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2360  carbon storage regulator, CsrA  46.81 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  51.06 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  53.19 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1246  carbon storage regulator  54 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.215113  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1121  carbon storage regulator  54 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  41.27 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0619  carbon storage regulator  54 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.760679  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1973  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 60 aa  47.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  44 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  38.71 
 
 		 64 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0829  carbon storage regulator, CsrA  46.81 
 
 		 99 aa  47.4  0.00006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267846  normal  0.671396 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0341  carbon storage regulator  46 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 63 aa  47.4  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  41.38 
 
 		 64 aa  47.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  51.06 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  42 
 
 		 83 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  41.38 
 
 		 65 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  48.98 
 
 		 83 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0668  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1746  carbon storage regulator, CsrA  45.76 
 
 		 59 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  42 
 
 		 64 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17090  carbon storage regulator, CsrA  40 
 
 		 81 aa  45.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1478  carbon storage regulator, CsrA  52.08 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4191  carbon storage regulator, CsrA  39.34 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000424179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  42 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  40.68 
 
 		 65 aa  45.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1218  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000555934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  42 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3968  carbon storage regulator, CsrA  45.76 
 
 		 59 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.934134  normal  0.143623 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 82 aa  45.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  44 
 
 		 65 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  44 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>