169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2417 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 		 80 aa  155  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0669  carbon storage regulator, CsrA  56.94 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0307434 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4191  carbon storage regulator, CsrA  52.11 
 
 		 77 aa  74.3  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0211  carbon storage regulator, CsrA  46.48 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.363506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  51.56 
 
 		 72 aa  73.6  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  56.25 
 
 		 75 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  41.1 
 
 		 83 aa  72.8  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  50.82 
 
 		 65 aa  72  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  62.07 
 
 		 83 aa  71.2  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1669  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 78 aa  68.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1058  carbon storage regulator  51.35 
 
 		 75 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  42.62 
 
 		 77 aa  67.4  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  53.45 
 
 		 78 aa  67  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  47.3 
 
 		 82 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17090  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 81 aa  66.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2005  carbon storage regulator, CsrA  43.28 
 
 		 92 aa  66.2  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.264193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  44.44 
 
 		 72 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31000  carbon storage regulator CsrA  45 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  46.55 
 
 		 77 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  52.38 
 
 		 79 aa  64.3  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  46.58 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2526  carbon storage regulator, CsrA  40.98 
 
 		 79 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2360  carbon storage regulator, CsrA  38.36 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2420  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 78 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2401  carbon storage regulator, CsrA  42.37 
 
 		 79 aa  62.4  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  44.83 
 
 		 80 aa  61.6  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1999  carbon storage regulator, CsrA  39.34 
 
 		 78 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3150  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  43.1 
 
 		 79 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0062  carbon storage regulator  44 
 
 		 76 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  46.27 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  51.67 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  44 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1478  carbon storage regulator, CsrA  47.76 
 
 		 117 aa  60.1  0.000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 64 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  43.33 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  54.55 
 
 		 76 aa  58.9  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2278  carbon storage regulator  55.32 
 
 		 85 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  42.47 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  43.33 
 
 		 79 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  48.15 
 
 		 62 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0102  carbon storage regulator  36.51 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3339  carbon storage regulator  48.15 
 
 		 62 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114105  hitchhiker  0.000524878 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  60.42 
 
 		 89 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0088  carbon storage regulator  36.51 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  46.3 
 
 		 70 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  46.3 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0341  carbon storage regulator  59.57 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0884  carbon storage regulator, CsrA  41.38 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0668  carbon storage regulator, CsrA  41.27 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  48.98 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2970  carbon storage regulator, CsrA  56.52 
 
 		 77 aa  57  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  37.93 
 
 		 85 aa  56.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1147  global regulator protein CsrA  40 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  50.82 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  37.93 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  35.71 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1631  carbon storage regulator  44.78 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.635349  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3470  carbon storage regulator  42.19 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.699111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  35.71 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  40.74 
 
 		 58 aa  55.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000923466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375878 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  39.06 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  40.74 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  37.93 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  37.93 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000181679  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1677  carbon storage regulator, CsrA  37.84 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.322482  normal  0.92927 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  35 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  37.93 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  36.67 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  35 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>