162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1338 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1338  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 		 60 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1746  carbon storage regulator, CsrA  84.75 
 
 		 59 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3968  carbon storage regulator, CsrA  84.75 
 
 		 59 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.934134  normal  0.143623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1296  carbon storage regulator, CsrA  74.19 
 
 		 62 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.760473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  61.82 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  47.46 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  47.46 
 
 		 70 aa  66.2  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  45 
 
 		 64 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  45 
 
 		 64 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  56.86 
 
 		 64 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  50 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  50.88 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4104  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  61.54 
 
 		 61 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  50 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  56.6 
 
 		 78 aa  63.5  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 65 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000424179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3014  carbon storage regulator, CsrA  48.28 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50.88 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 58 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000923466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  50 
 
 		 63 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  49.18 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  52.73 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  53.57 
 
 		 65 aa  61.6  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  50.88 
 
 		 71 aa  62  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 61 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1301  carbon storage regulator  46.43 
 
 		 64 aa  61.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000114714  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  47.37 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000181679  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  45.76 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  45.76 
 
 		 81 aa  60.8  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  50.91 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  48.21 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0637  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0204  carbon storage regulator  47.46 
 
 		 61 aa  60.5  0.000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0829  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267846  normal  0.671396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1043  carbon storage regulator  49.09 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1218  carbon storage regulator  51.92 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000555934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0604  carbon storage regulator, CsrA  47.54 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  51.92 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  46.43 
 
 		 83 aa  58.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  0.00000000608552 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  41.67 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31000  carbon storage regulator CsrA  50.91 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  51.92 
 
 		 64 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2005  carbon storage regulator, CsrA  45.76 
 
 		 92 aa  58.2  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.264193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  39.29 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  44.64 
 
 		 79 aa  57.8  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  50 
 
 		 62 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3339  carbon storage regulator  50 
 
 		 62 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114105  hitchhiker  0.000524878 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2472  carbon storage regulator, CsrA  52.73 
 
 		 70 aa  57.4  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  46.43 
 
 		 70 aa  57.4  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  48.08 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  47.17 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  42.62 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  48.21 
 
 		 85 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  46.15 
 
 		 82 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3626  carbon storage regulator, CsrA  43.64 
 
 		 62 aa  56.6  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000153108  decreased coverage  0.0000000476241 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  39.29 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  44.64 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  37.29 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>